DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
66391 NC1CCNCCC1O TargetDiff 5MGL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66392 O=C1CCC2CCCCC2N1N1CCC(F)N1 TargetDiff 5MGL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66393 NCC(=O)c1ccccc1O TargetDiff 5MGL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66394 CO[C@H]1C[C@H]2[C@H]([C@H](N[C@@H](C)C3=NCCO[C@H]3C)[C@@H](O)C=CCF)ON(C3=C4C(=O)N(C)[C@@H](C)C4C(=O)N3C)[C@@H]2C1.F TargetDiff 5LYR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66395 CCc1ncc(ONCCC(O)C(C(O)C(O)CO)N2CCOCC2O)nn1 TargetDiff 5LYR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66396 O=C1NCC(C2(O)C(O)OC(COCO)C(O)C2O)CC1CO TargetDiff 5LYR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66397 CC1CC2CCN(C3CC4CC(O)C3(O)C4O)C2OC1C(O)C(=O)O TargetDiff 5LYR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66398 CC12CCC(C(=O)O)C(=O)NC(CO)C1C(O)C(CO)C2 TargetDiff 5LYR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66399 CC(O)(OC1CCCCCN1C(CN)CCC(=O)O)c1ccc(N)cn1 TargetDiff 5LYR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66400 COC1(O)C(O)CC(C(O)C2OCCC2C2OC(=O)C(O)(CO)C2(O)C(C)(O)O)OC1C TargetDiff 5LYR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66401 CCC(O)C1CCC(C)C(C2CCCCC2O)CN(C(C)CC(C)(C)O)CC1C(N)=O TargetDiff 5LYR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66402 CC(=O)C1CC2=CC(C)C(S)(CC(O)C(O)C(O)(CF)C(O)CO)C(C)C21O TargetDiff 5LYR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66403 CCCCC.CCCCC1C=CC(c2cc(C(C)=O)c(N(C)C)cc2F)C=CC1NO TargetDiff 4C52 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66404 CCC=C1c2cc(F)ccc2CC[C@@H]1c1ccc(C(C)(O)O)c(O)c1 TargetDiff 4C52 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66405 CC(=O)O.COC1=CC=CC=C2C1Oc1cc(N3N=C4CCC5=C4c4cc(ccc43)O/C=C\S([O])([O])N5)cc(F)c1C2(F)F TargetDiff 4C52 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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