DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
66436 CCC(O)[C@@H](COCC[C@H](C#C[C@H](O)CC(C)=O)CCCC=CO)[C@H](C)NC(=O)CO TargetDiff 4O6W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66437 CC[C@@H](CCN([O])[O])OC(=O)CCCC(C=CCCc1ccc(O)cc1)=C1CC[C@H](CNCCC(N)(F)F)C1 TargetDiff 4O6W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66438 N#CN.O=C(O)Cc1ccc(Cc2cccc(C(=O)O)c2)cc1 TargetDiff 4O6W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66439 COC1C(C)C2=C(C1O)C1C(O)=C(O)C(O)(C(=O)O)C1CCC2 TargetDiff 4ZEK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66440 Cc1ccc2c(c1)NC(=O)CC(C(O)C(O)C(O)CN)O2 TargetDiff 4ZEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66441 CCC1CCN(C2(C3CCC(C)C3)CC(C3CC4C(O)C(O)C(O)C4C(O)C(CO)O3)C3CCCC3(C)O2)C1 TargetDiff 4ZEK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66442 O=C(O)CC1CCN(C2=CC(S(O)(O)O)C(O)C(CO)=C2)C(O)CC(O)C1O TargetDiff 4ZEK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66443 N=C1CCN=C2NC3C(O)C(O)C(N)CC3N12 TargetDiff 4ZEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66444 CC(O)(O)C1OC(=O)C(O)CCC1O TargetDiff 4ZEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66445 CCOC1CN(C(=O)C(C)O)C23C(O)C(O)C4ONC(CC12)C43 TargetDiff 4ZEK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66446 CC(=O)OCC1OC(O)C(O)C12CCC(C)CC1CCC3C(C)COC2C3C1 TargetDiff 4ZEK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66447 O=CC(O)C(O)C1C2=C(O)C3CCCC3CCC2CC1O TargetDiff 4ZEK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66448 COc1ccnc(CC2OC(=O)C(O)C(O)(O)C2O)c1 TargetDiff 4ZEK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66449 N=C1NNCCN(C(=O)C(=O)O)C(C(=O)N=C2C=C[C@@H]3C=C[C@H](C(=O)C4=CC(=O)CC=C4)CC3=C2)C(=O)N1 TargetDiff 5ZDB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66450 CC(CCCCN1CCNC1=N)C(c1ccc(F)cc1)C1(O)NC(=O)OC2CC3=C4C(=O)C(N)CC4C(C(O)C(O)CO)N=C3C21 TargetDiff 5ZDB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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