DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
66466 CC(=O)OCC12CCC(C(=O)O)C(O)C(O)(CC3CCNN3)C1Oc1ccccc1C2 TargetDiff 5DH4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66467 CC1=CC2=C(CCCC2C(=O)Nc2ncccc2C)C(N)C=C1 TargetDiff 5DH4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66468 O=C(O)CCONC(=O)C(COC(=O)O)C1CCC(O)C1 TargetDiff 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66469 CC(=O)Cc1ccc(C2C(O)COC2C(C)CCO)cc1 TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66470 CC(C)(O)NN1C=C2C(O)CC3CCCC(O)C3N2c2ccc(F)cc21 TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66471 CCC1N=CC(C(O)C(O)CC(=O)C(O)C(CO)OC)C=N1 TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66472 CCCCOCCCC(C1C=CCC(O)=C1C)C1CC2c3ccccc3OC2C1(O)O TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66473 CC(C)(NC(=O)C1C=CCC(O)=C1)c1cc(F)cc(C(=O)O)c1 TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66474 CCC1CCCC(C(=O)O)(c2ccc(C(O)C(C)O)cc2)C1 TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66475 CCCOC(=O)C1=CC(C2CCCCC2)OC2C(=N1)OC1C(O)C(O)CC(C)CCOCCCOC3=CC(C=CC3)C21 TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66476 O=C(O)COC1COC(CS(O)(O)O)(c2ccccc2)C1 TargetDiff 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66477 CC(=O)OC(=O)C1=CC(C)C=CC2C1=NC(O)(O)C1C=C(C)C=CC21 TargetDiff 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66478 COC1=C(OS(O)(O)O)OOC(c2ccc(C)cc2O)=C1O TargetDiff 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66479 CC(C)C1OC2C=C(OCCc3ccccn3)C=CC2=C(C2=C(O)CC3=C2CCC3)C1O TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66480 CCCC1C(=S)C2C(C)CC3OC(C(O)CC)C(C(O)C1CCCC(=O)O)C32 TargetDiff 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

66466 to 66480 of 73725 items. Total 4915 pages.