Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
66511	O=C(O)C1=C2CCC3(O)CC4(C(C(O)C(O)C(O)F)C(=CC1)C23)C1CC=CCC1(F)CC(O)C4(O)F	TargetDiff	5LJT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66512	CCN1CC(C(C)OCC2C(=O)Oc3c(-c4cccc5c4COC5)ccnc32)CC2=CC=CC3CCC(O)(O)C(C)OC3C2C1	TargetDiff	5LJT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66513	O=C1CC2C(CC3(O)CCC(C4COC5(COC5)C4)C34CC3C2C(O)C2C(O)(O)CCC5CC3(CC4O)C52O)O1	TargetDiff	5LJT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66514	CC1C2=CCC(F)=CC2NN1C1C2=C(C=CCC=C2)C(C(O)C(=O)O)CC1(F)F	TargetDiff	5LJT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66515	CC(=O)C1CC2C(CC(C(=O)O)OC(C3=CC=C(Cl)C(O)C3C(=O)O)CCC(C)C2O)CC1C	TargetDiff	5LJT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66516	CC1NNC2C(C)C(C)Cc3ccccc3CC2N2C(=O)C=C(O)C(S(O)(O)O)C=C12	TargetDiff	5LJT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66517	COC(C)(O)C(C(=O)O)C(=O)OC(CC(N)=O)CC(C)C(=O)O	TargetDiff	5D3X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66518	O=P(O)(O)C1C(CO)OCC(O)C1O	TargetDiff	5D3X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66519	CC(=O)C(CO)C(C(=O)O)C(O)CP(=O)(O)O	TargetDiff	5D3X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66520	C=CC(=O)O.COCO.OC1=C2Nc3cc(O)ccc3C2CC1	TargetDiff	5D3X	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66521	CN.O=C(O)C(=O)P(=O)(O)CC(O)C(O)C(=O)O	TargetDiff	5D3X	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66522	O=C(O)CCOC(=O)CCO	TargetDiff	5D3X	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66523	O=P(O)(O)OC1C(O)C2CC(O)OC2C1O	TargetDiff	5D3X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66524	C1=CNN=CC1.O=C(O)COC(=O)C(OCC(=O)O)C(O)C1CC=CC(O)C1O	TargetDiff	5D3X	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
66525	O=C(O)CC(O)C(CO)C(=O)O	TargetDiff	5D3X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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