DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
66496 O=C(O)CC=C(O)c1ccccc1O TargetDiff 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66497 CC(O)C(=O)CCC(=O)C1(c2ccc(F)cc2)C(C)CC(O)C1O TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66498 CCC(O)(O)C1C2=CCC(OCC3=CC=CCC=C3)=CC2=NC(C)(C)C2C=CC=CC12 TargetDiff 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66499 CCC1Cc2ccc(CCC(=O)O)cc2C(C)C(O)CCC1OC TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66500 CN1CC(=O)C(=O)N2C1C(=O)C=CC21CCCC1CCCNC(=O)C1COCC(=O)O1 TargetDiff 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66501 O=C(O)CNC(=O)CCCCC(=O)c1ccccc1 TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66502 CC(O)CCC(=O)C1=C(O)C2CCCC(C)C(C)C(C(O)C1)C2C(=O)O TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66503 CC(C)C(C)C(O)=C=C(C(=O)NC(=O)C1CCCC1)c1ccccc1 TargetDiff 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66504 CC(C(=O)O)c1cc2cc(c1)N1CC3C(OC31)C1C=C(F)C(O)=CC1OC(=O)O2 TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66505 CC1CC2C(C(=O)O)OC(C)C(O)CC(=O)C2(C(=O)OCC(C)C(=O)O)O1 TargetDiff 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66506 O=C(OP(=O)(O)O)C1CC(C2C(O)CCC(C(O)C(=O)O)C2(O)CC2C=CCC=C2)CN1 TargetDiff 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66507 CC1CC(O)C(O)(O)C2OC3(C(=O)O)OC12OC(c1ccc(F)cc1)C3OO TargetDiff 5LJT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66508 CC(C1CC(P(=O)(O)O)C(O)(O)C1)C(O)C1C(O)CC2CC1CCC2(F)F TargetDiff 5LJT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66509 CC(O)C1=C=CCC2COC(NC3C=CC(S(N)([O])[O])C(O)C(O)=C3)C2CC1 TargetDiff 5LJT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66510 O=CC(C1C=CCC(O)=C1)C(CCC1CCC2C(=O)N3CC(O)(O)c4cccc(c43)N12)C(=O)O TargetDiff 5LJT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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