DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
66481 COC1CCC2(CC1O)C(=O)OC1CCC(C(C)O)C=CC1C2O TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66482 CC(C)OC1CC(O)=CC2C1C(C(O)([SH]=O)C(O)c1ccccc1)NC(=O)N2C(=O)OC(=O)c1ccccc1 TargetDiff 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66483 CC(CO)N1CC2CCCOc3cc(COc4ccccc4)cc(c32)C1=O TargetDiff 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66484 COC(=O)c1cc(C)c(O)c(C2=C(O)CC3CCCC3C2)c1 TargetDiff 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66485 CC(C(=O)O)N1CC2=C(N=CC(CNC=O)C=C2C2CCCC2C2C=CCC=C2)OC1=O TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66486 CC1C=CCC2CCCC3CC(CC(C)OS(O)(O)C(C)CC2=C1)C(C(=O)NCC(=O)O)C3 TargetDiff 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66487 CCC(O)CCC(C)CC1OC(C)C(=O)OC(C(O)C(C)OC(C)C)OC1C(O)O TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66488 O=C1OC(CCC2NC=C(CN(O)O)OC2=O)CC1CCC1CCCCC1 TargetDiff 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66489 O=C(O)CCNC(=O)CC1COC2C(C(=O)O)=CC=CC2C1c1ccc(F)cc1 TargetDiff 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66490 O=C(O)CC1CCC2C=CC(C3NCC(O)C3O)C=C2O1 TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66491 CCC1CCC2CC(OC(=O)C(O)CCC(C)=O)CC12O TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66492 CC(O)C(O)C1OCC2CCCC2(C)C1CCC1CCC(C(=O)O)C1 TargetDiff 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66493 CCCC1C=CN(CC)c2cc(S(O)(O)O)ccc2C1CC(=O)O TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66494 CC(CO)(c1ccccc1O)N1CC(NCCCS(O)(O)O)CC2CCCC(O)C21 TargetDiff 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66495 O=C(NC1=CC=CC(c2ccccc2)C1C(O)C(=O)O)Oc1ccccc1 TargetDiff 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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