Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
66406	CCCC1=C2OC(C)CN2C(C2=CC(C3N=c4c(O)cc(F)cc4=CC3=O)CC=C2)C1	TargetDiff	4C52	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66407	CC=C[C@@H](C1C=CCC=C1)[C@H]1C=NC(=N)C=C1Nc1ccc2c(c1)CC1=CCC=C(OOC)[C@H]12.CCC	TargetDiff	4C52	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66408	FC(F)F.Fc1cc2c(c(F)c1Cl)N(F)CC(CNC1=CC=C(Cl)CC1)C2	TargetDiff	4C52	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66409	CC=CC(C)C=C=C1C=C(C)N=C(NC2=CC(C(=C=C3CCC[C@H]3CO)N=CC(=O)O)C=NC2)N1	TargetDiff	4C52	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66410	N=C(c1ccc2c(c1)CC(=NC(=O)O)CC=C2)C1C=CC=C(F)C(Cl)=C1	TargetDiff	4C52	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66411	CCCCCC1C(=O)N=CC=C1OC1C=C(C2CC(C)n3c4ccc(F)c(=N)c-4c(OC)cc32)C=CC1C(N)=O	TargetDiff	4C52	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66412	CC1(O)CC(CCNC2C=CC(C(=O)O)=CC2F)=C2CC=CC=C21.CCC	TargetDiff	4C52	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66413	CNC(=O)C(C(O)CO)N(O)COC1(O)OC(C(=O)CNCC(C)C)C(O)=C1O	TargetDiff	6OM8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66414	C[C@@H](N)OC[C@H]1CCNC(=N)c2ccc(CC(O)=CC(O)(O)[C@@H](O)C(=O)O)c(c2)C[C@@H](OP([O])[O])N1	TargetDiff	6OM8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66415	CCNC(=O)NCC1=NC(=O)[C@@H](C=Nc2cnccc2C(=O)O)N1	TargetDiff	6OM8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66416	CC1CCN(C2C=C(C(O)C(O)C(=O)N(CSC3COCC3O)C(=O)O)C=NC2=O)N1	TargetDiff	6OM8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66417	O=P(O)(O)OC(O)(CO)C(O)C(O)C(O)C(O)C1OC(C(O)C2=CCC=CC2)CC1O	TargetDiff	6OM8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66418	CC(O)(O)N1CC(C(CO)NC(=O)NC(=O)C(N)(O)O)NC(O)(c2ccc(Cl)cc2)C1	TargetDiff	6OM8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66419	CCOCC(O)CC(O)C(O)C(=O)N(CC)C(=O)O	TargetDiff	6OM8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66420	CC1(O)CCCC2(O)C(CC(CCCC(=O)Nc3ccccc3)C(=O)O)C(O)(O)N12	TargetDiff	6OM8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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