Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
66781	O=P(O)(O)COCC(S)C(O)CO	TargetDiff	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66782	O=C(O)CC1OC(=O)C(C(=O)O)C1O	TargetDiff	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66783	O=C1OC(C(O)CC(O)C2CC=CC(O)C2)C(C(O)O)C1O	TargetDiff	1DJY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66784	CC(O)C(O)C(O)C1OCC(C(=O)O)C1O	TargetDiff	1DJY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66785	O=C1CCC2C3OCCCCC(O)C3C(O)C2C2OC(O)C(O1)C(O)C2O	TargetDiff	1DJY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66786	COc1ncnc(C2CC(O)C(O)(O)NC(P(=O)(O)O)C2)c1O	TargetDiff	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66787	O=C1OC(OP(=O)(O)O)C(O)C(O)C1(O)C(CO)CO	TargetDiff	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66788	CCC1COC(O)C(O)C(COC2=C(O)CC(O)=CC2OC)C1C(C)C1(O)COC1C1CCC(C)O1	TargetDiff	1DJY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66789	CCC1(C)CC(O)(O)CC(O)C1C(O)C(O)C(C)(O)CO	TargetDiff	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66790	CC(=O)OC1OCC2(C(=O)O)CC(O)C(C(O)C3(O)C(O)C4CC(C(=O)O)=NC4(O)C3O)C1O2	TargetDiff	1DJY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66791	COC1CC2(C(C)O)OC3C(OC(CO)C(O)C3C(=O)O)OC2C(O)C1O	TargetDiff	1DJY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66792	O=C(O)C(O)C1CC2C(O1)C(C(=O)O)CC2(O)CO	TargetDiff	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66793	CC(C(O)CF)C1(O)CC(=O)OC1C1CCC2C(O)C(O)C(O)C21O	TargetDiff	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66794	COC(C)C1=CC=CC=CC1C(CCCC(O)(O)C(O)C(O)CC(O)CO)P(O)O	TargetDiff	1DJY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66795	C=C(C1(N(C)O[PH](N)(F)P)NNOC1(CO)S(=O)O)S(N)(N)O	TargetDiff	1DJY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔

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