Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
66841	CC12CCC(F)(F)CC1C1C3CCC(=O)OC(=O)C3CC1(O)C2=O	TargetDiff	4MGD	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66842	CC1C2C(C(=O)O)CCC3COCCCC3CC2C2(C)C1C(F)CC(C(=O)NCN)C2(C)C	TargetDiff	4MGD	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66843	CCC1CCC2CCCC3CC(OCO)CC(C1)C2C3	TargetDiff	4MGD	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66844	CC1CC2CCCC3CCC(C(O)CO)C(O)(C3C)C2CC2(C)OCC(=O)C12	TargetDiff	4MGD	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66845	CCCN[C@H]1S[C@H](C)[C@H]1C1=CCC(=CO)C(C)=C1	TargetDiff	4MGD	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66846	CC1=CC23OC(F)CC(C)C2C(Oc2cccc4c2C3CO4)C2=C1C(C(=O)O)CC2	TargetDiff	4MGD	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66847	CCCCC1CCN(CC2=C3CC(C)CC3CC2)C1(C)O	TargetDiff	5NVX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66848	CCC(=N)C1=CC=NCC(NC(=N)NC2=C(O)Cc3c2n(CC)c(=O)n3CC)=N1	TargetDiff	5NVX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66849	CC(OC1C2=CCC(CN)=CC2=C2C3=C(CC21)C(C1CCCC1)C(C(F)(F)F)C3)C(=O)O	TargetDiff	5NVX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66850	CC(C)(C)CCC(=O)NC1CC(CON)CC1=N.CCO	TargetDiff	5NVX	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66851	CCC1CC=C(C2CC3=C(N2)C(=O)NC(=N)C3)C(CO)C1	TargetDiff	5NVX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66852	[O]N([O])C(Cc1ccccc1)C(=O)NNC1CN(O)S1	TargetDiff	5NVX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66853	COc1ccc(C(O)C2=Nc3c(F)cc(OC)c4cc(OC(C)CO)cc(c34)N2)nc1	TargetDiff	5NVX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66854	COc1ccc([C@@H]2CC[C@@H](Cc3ccc(Cl)cc3)N=C(N=C(F)F)C2)cc1	TargetDiff	5NVX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66855	C1CNC1.CC1NC(CC(=O)O)(OC2CCCNCCC2Cl)CN(C2CC3=CC=CC(=O)C3C2)C1=O	TargetDiff	5NVX	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔

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