DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
66856 CC(CO)CNCC(O)(F)CNC(=O)NC1CCC(C)C1 TargetDiff 5NVX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66857 O=C(O)C1=C(C(O)(O)F)C[C@@H](OCCC(F)=C(F)C(O)C=C[C@@H]2CCNN2)C1 TargetDiff 6MLA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66858 CCC(CNCc1ccccc1)C(O)CC(=O)O TargetDiff 6MLA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66859 C=C1N=C2CCNC=C2C(=C)[C@@H]1C1=CC[C@@H](C=CCC=NC(=O)Nc2ccccc2)C1.CCC=COC(=O)O.O=C[C@H](O)CC(O)=CON=CC1=CCC(F)=NC1 TargetDiff 6MLA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66860 NCC(C(O)CO)C(C(=O)NC1=C=C2CCCC2=C2NN(N)CN2C1)C(O)(O)O TargetDiff 6MLA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66861 N=C1CNCC(C(O)C2OC(C(=O)O)OC(O)C(O)O2)=C=CN1 TargetDiff 6MLA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66862 C=CC1=C(CN(C=CCOCC(N)=O)CCCC(OP(=O)(O)O)N(O)[C@@H]2C=CC=CC=N2)C=CC(=C)C1=N TargetDiff 6MLA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66863 O=C(O)C1C(O)CCC2CC3CCNNC=C3C2C1F TargetDiff 6MLA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66864 C=C1CCC2C#CC/C=C\CNC3=CCC(=O)C4CC(OC(=O)CC5CC=C(F)C1C2C5)C(C)C34O TargetDiff 6G9I ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66865 CC(=O)C1CC=CCC1C1CC2=C(CCCCCC2)N1 TargetDiff 6G9I ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66866 Cc1cc(Cl)c2c3c4c(ccc13)NC1=C(CCC1)C4S2 TargetDiff 6G9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66867 C=C1C2=C(C3C=CC=CC3C(F)C1CCC(F)C1CNCN1)C1OCCOC1C=C2 TargetDiff 6G9I ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66868 CCC12OC3CCN3C1/N=C1/CCCC=C1CC1C(C)=CC(O)=CC12 TargetDiff 6G9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66869 CC1CC2CCC3(O)CC(C4CCC(F)=C4C(=O)c4ccccc4)C2C3C1 TargetDiff 6G9I ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66870 C=C1CCCCC2CC3C(c4ccccc4)=Nc4ccccc4NC3C12 TargetDiff 6G9I ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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