Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
66811	O=C1CC(=O)C(C2CC(O)C3C(O)COC(=O)C3C(O)O2)=C1O	TargetDiff	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66812	OCC1CC(OP(O)O)C(O)C(C2CCC(O)(O)C(O)C2O)C1	TargetDiff	1DJY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66813	CCC1SC2(CC(O)(CO)C2)C(O)C1C(=O)O	TargetDiff	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66814	O=C(O)C1CNC2C3=NN4C5=NCC(=O)N5CC4=C(O)C3C(OO)C2C1	TargetDiff	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66815	CNCC(C(S)OC1C(O)CC(C(=O)O)OC1O)N(C(C)=O)C(C)=O	TargetDiff	1DJY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66816	CC1(O)CC(O)C2(O)C(O)C(P(=O)(O)O)CC2N(CC(O)C(O)C(O)CO)O1	TargetDiff	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66817	OCC(O)C(O)CC1CNCCC1O	TargetDiff	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66818	CC(C)(O)C1(O)C(O)C(O)(CO)C2C(O)C3C(O)C(=O)OC3N(C(=O)O)C(=O)N21	TargetDiff	1DJY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66819	COCCC(=O)OC1OCOC(C(C(=O)O)C2CCOCC2O)C1O	TargetDiff	1DJY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66820	O=C(O)COCC(O)(O)CO	TargetDiff	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66821	CP(=O)(O)OCC(O)CN	TargetDiff	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66822	NC(O)C(O)C(C(O)C(O)C(O)C(O)CCC(=O)O)P(O)O	TargetDiff	1DJY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66823	OCC(O)C(O)C(O)C(CO)NCC(O)C1CCN(O)C1	TargetDiff	1DJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66824	NC(C(=O)O)C1C(C(=O)O)NC(C(=O)O)C(O)C1O	TargetDiff	1DJY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66825	O=C(O)C1C(O)C(CO)OC2CC1C(O)C(C(O)CO)S2	TargetDiff	1DJY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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