DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
66886 CC(COC1OC(OC2C=CC(O)C(O)=C2O)CC1O)OC1CCCCC1 TargetDiff 5TCY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66887 O=C(O)C1=CCC=C(C(O)(O)OCCOC2=C(O)CCC2)O1 TargetDiff 5TCY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66888 O=P(O)(O)CCC(O)C(O)CCOC1CCCC1 TargetDiff 5TCY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66889 Oc1ccccc1OC1COC2Oc3ccccc3OC12 TargetDiff 5TCY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66890 C=C(C)O.O=C(O)C1CC(c2cccc(O)c2)C(O)C(Oc2ccccc2)O1 TargetDiff 5TCY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66891 O=C(O)C1CC2C(N=C(c3cccnc3)CC2C(=O)O)O1.OC1CCOC1 TargetDiff 5TCY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66892 CC(CC(=O)O)c1cccc(CO)c1NC(=O)C(O)CC(=O)NCCc1ccccc1 TargetDiff 5TCY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66893 CC(C)(O)O.CC1CNC(=O)C(c2ccccc2)C2=C=C1C=CC(F)=[C]2 TargetDiff 4UCC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66894 C#C.CCC=C=CC(=O)N(CCC1NC(C(=O)O)C(OCO)C1=O)Cc1ccccn1 TargetDiff 4UCC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66895 COC1CCC(C2CC3COC34C3N=CC(C)N=C3C(=O)N24)C1 TargetDiff 4UCC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66896 CCOc1cc(F)c2c(c1)N(C)C(=O)C1=CC(O)=CC(O)C1C2 TargetDiff 4UCC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66897 Oc1ccc(C(O)C(F)F)cc1O TargetDiff 4UCC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66898 CC(C)CC1=CC2CCC=C3C4=CC5=C(CC(=O)S5)OC4=CC(=C1)C32 TargetDiff 4UCC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66899 O=C1CCC(C(=O)C2CN(C3C=CCC=C3)C(=O)CN2)C1 TargetDiff 4UCC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66900 NC1CC2=C(OC(=O)C3C2=NC=CC3C2C=CCC=C2)O1 TargetDiff 4UCC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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