Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
66931	O=C(O)C1=CCC(CO)=C(C(=O)NO)C1N(O)O	TargetDiff	5E2S	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66932	CC1Cc2ccc3c4c2C1N(C(F)(F)F)C(=O)C(OC(F)F)C4C(F)C3	TargetDiff	5E2S	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66933	CCC(NC(=O)C(=O)c1cccnc1)C1CC(O)CC1CCOC1CCO1	TargetDiff	6EYT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66934	COc1ccc2c(c1)CNC(=O)C2C1CC(OCP(=O)(O)O)OC2C=CC(Cl)CC21	TargetDiff	6EYT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66935	[O]P([O])OP(=O)(O)NC1C(O)COC1NCC(CO)C(O)C1N=CN(C2CCCC2)C=C1O	TargetDiff	6EYT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66936	O=C(O)C1OC(CO)(N2CNC3=C2N=CCC=C3)C(O)C1O	TargetDiff	6EYT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66937	COC(=O)CC1CCC2N3CC(COC(=O)CN)=CC(=O)C3=C(N)C2(O)C1.O=C(O)CC(O)OCC(O)C(O)C(O)CO	TargetDiff	6EYT	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66938	Cc1ccc2c(c1)N=C1C(=C(O)C3C(O)C(O)CC(C(O)(O)C(CO)(OP([O])[O])C(N)=O)N13)N2	TargetDiff	6EYT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66939	O=P(O)(O)OP(O)OC(OCc1ccccc1)C(O)C(O)CC(O)C(O)C1CNc2c1ccc1c2NC(c2ccccc2)C1	TargetDiff	6EYT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66940	O=C(OC1CC2OC(=O)C(CO)OC(=O)C(O)C(CO)C(O)C2C(O)C1O)c1cc2nnc(Cl)cc2nn1	TargetDiff	6EYT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66941	O=C(NC12CC(CC3=C1NC1=CCC=CN1C3=O)C(F)(F)C2)C1OC(C(O)C(O)C2OCC(O)C2O)CC1O	TargetDiff	6EYT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66942	O=C(OC1OC2CCC(C2)OP(OP(=O)(O)O)O1)C(=O)OP(=O)(O)C(=O)O	TargetDiff	5F74	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66943	N=c1ccn(C(=O)C(O)C(COCCC(O)C(=O)O)C(O)(O)CP(O)(O)(O)O)cn1	TargetDiff	5F74	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66944	CC(C)C(CN)C(COC(O)(CO)C(=O)O)C1C(=O)N(C)CC(O)C(O)C(C)C(O)C2CCOC21	TargetDiff	5F74	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66945	CC(O)C(O)(OP(=O)(O)O)C1COCCC(OP(O)(O)(O)O)O1	TargetDiff	5F74	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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