Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
66946	O=P(O)(O)OCOC1CCOC(OP(=O)(O)O)CC(O)(O)C(O)C1	TargetDiff	5F74	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66947	O=C(CO)[C@@H](CCS(O)(O)O)OC=C1O[C@H](O)C[C@H]2[C@H](O)[C@@H](P(=O)(O)O)O[C@@H]12	TargetDiff	5F74	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66948	O=C(O)OC1OCOCC(O)OC1C(CO)OC(=O)C(O)C(CO)C(=O)O	TargetDiff	5F74	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66949	Cc1ncccc1CC(OCCc1ccccc1C(=O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)O)C(O)C(O)(O)O	TargetDiff	5F74	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66950	CC(O)C1OOOC(C(O)CO)OC(COC(=N)P(=O)(O)O)C(O)C1O	TargetDiff	5F74	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66951	CN1C=CC(C[C@H]2C[C@H](CC(=O)N=C3C=CC4=C(Oc5cnccc5N=N4)[C@@H]3O)C(=O)O2)N=C1	TargetDiff	5N0F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66952	CCCN1C(=N)C(O)CCCC2CCCC(O)C2C2CCC=C3C(C2)C(=O)OC(C)C3NC(=O)CC1=O	TargetDiff	5N0F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66953	CCCC1COC2OC(CC(O)C3CC(C(O)C4C(O)CCC4C(CO)C(=O)O)N4C=CCC=C34)OC12	TargetDiff	5N0F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66954	CCC1OC(CC(C)C23CC4CC(CO)(CO2)C3CCC4=O)C(O)C(O)C1O	TargetDiff	5N0F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66955	CC1CC(O)C(=O)N1C(=O)C1=CCC(NCC2OCCN(C(=O)C(O)CC(=O)NC(=O)c3ccncn3)O2)C=N1	TargetDiff	5N0F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66956	CCOC(=O)C(O)C(C(=O)OC)C1CCC(CCC(O)C(OC(=O)S)C(C)N)O1	TargetDiff	5N0F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66957	CC1CCOC2CC=CC(C3N=CCC(O)C3C(=O)N(C)C1)C2C(=O)NO	TargetDiff	5N0F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66958	O=C1C2C=NC=CC2=C2CN1C(CO)C(O)C(CO)CO/C=C(\CCO)C(O)C1CNC(O)(C(=O)O2)C1O	TargetDiff	5N0F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66959	CC(OC(C(=O)O)N1CCC(O)CC(O)C1O)c1ncccc1C(O)(O)c1ccccc1	TargetDiff	5N0F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66960	CC1CCC(=O)NC2CC(c3ccccc3)CC12	TargetDiff	5IHH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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