DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
66976 CC(C)(O)C1NC2=C(S1)C1C(=O)NCCCC1=C=C1C(CO)=CC=CC12 TargetDiff 6QAV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66977 CCOC1=C2C(N)=CC3C4=C2N2C1CN1Cc5ccc(cc5C12)CNC4C3C TargetDiff 6QAV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66978 OC1=CCC(C23CC4CCC4C(CC2=S)C3)CC1 TargetDiff 3WTL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66979 NC(=O)c1cccc(C2C=CC=C3C=CC(=O)OC32)c1 TargetDiff 3WTL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66980 O=C(O)CCC1CCC2(C=CC3C(=O)CCC3CC2)C1 TargetDiff 3WTL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66981 CC1C(Cc2cc(O)c(O)cc2C(=O)O)c2ccc(O)cc2C1C(F)(F)F TargetDiff 3WTL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66982 CC(F)C1CCC2(OC(CC(=O)O)c3ccccc32)C(C)C2CC(=O)CCCC12 TargetDiff 3WTL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66983 CC(C)N(CCCC1=C2C=C(F)CC=C2C(C(F)F)C1)C1C=CC(=O)N=C1 TargetDiff 3WTL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66984 O=COCC1CCCCCC1C1=CCC2=NCNC(C1)C2 TargetDiff 3WTL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66985 CC1=C[C@H]2[C@@H](C=C1F)C1=C(CCCCCC1=CN)ON2C1C(=N)N=CNC1=O TargetDiff 3WTL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66986 O=C(O)C1=C2N=NN(c3ncccc3O)CN3CCCOC(S1)C23 TargetDiff 3WTL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66987 Cc1ccc(C=N)cc1CCC(C)(C)c1ccc(O)cc1 TargetDiff 3WTL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66988 COC1(O)C(O)C(C(O)C(O)c2ccccc2)C(O)C1C(=O)O.N=CN TargetDiff 4PP0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66989 N=C1C=NC(C2C(O)C(CO)ON3C4=CNC=CC4N=C3CC2P(=O)(O)O)N(CNOC2CNCN2)CN1 TargetDiff 4PP0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66990 CC1(O)CC2CCCCC2CC(O)(O)C(O)C(CC(O)CC(N)=O)C(=O)N1 TargetDiff 4PP0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

66976 to 66990 of 73725 items. Total 4915 pages.