Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
67036	C=C(CC1CC2C(O)C(C3CCOC3C)C(OCC(CC)CCO)C2OCCC1O)C(F)(F)F	TargetDiff	5JSG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67037	C1=CNCCC1.CCCCCC[C@@H](O)C=Cc1nc(CCC)c2n1CC[C@@H]2O	TargetDiff	5JSG	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
67038	CCCCNC(=O)C1=CC(=C=CC=CCNc2cc(OC)cc(OCC)c2)[C@@H](C(OCC)OCC)N=N1.Oc1ccccc1	TargetDiff	5JSG	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
67039	CONC(=O)C(C(=O)C1OCC(C)N1C1C=CCC=C1)C(CN)CC1CC(NNO)CN1C1C=CC(OC)C=N1	TargetDiff	6G2F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67040	CCOC(C1=CCC(C)=C2CC(CO)=CC=C12)C(NC(=O)C1CCCCC1)C(C)CC(F)F	TargetDiff	6G2F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67041	CC1NCCNNC2CCC(C(CNCO)CC(N)=O)C=C12.FC1=CC(C2C=CC(F)CC2)C=CC1	TargetDiff	6G2F	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67042	CCCC(c1ncccc1O)C1CCn2cnc(=N)nc2C1	TargetDiff	6G2F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67043	N=C(N[S@](=O)NCN)[C@H]1CC[C@H](CN=C2C3=C(CC(OCCF)=CC3)N2[C@]2(c3cccc(F)c3)C=CC=CC2)CC1	TargetDiff	6G2F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67044	CC[C@@H]1CN([C@@H](C)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H]2C[C@H](O)N(C)C2)C(C(O)=C(F)CN(F)c2nc(C)nc(C[C@H](C)O)n2)O1.F	TargetDiff	6G2F	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67045	CC(=O)c1cc(C(=O)O)cc(C(C(=O)O)N2C(=O)CCc3ccncc32)c1	TargetDiff	6G2F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67046	COC(=O)N(CC1C2C=C(N)C(=O)N=C2C=CC1c1ccccc1)C(=O)N1CCCC(O)C1	TargetDiff	6G2F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67047	O=C(O)[C@@]1(O)C[C@@H](c2ccccc2)CN2C1=C=C[C@@H]1C[C@H](O)CC1=C=CNC(=S)NC2=Nc1ccccn1	TargetDiff	6G2F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67048	CC(=NC(=O)NC(=NC(N)=O)c1ccc(=O)n2c1CC(=N)N2)Oc1nc2ccccc2cc1C.C[C@@H]1CCNC1.O=CO[C@@H]1CNN1	TargetDiff	6G2F	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
67049	O=C(O)CCNC(CCNCO)C(=O)O	TargetDiff	5LTN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67050	COC1C(=O)CC(O)C(C(O)C(=O)O)C1O	TargetDiff	5LTN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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