Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
67081	O=C(O)CC(C(=O)O)C(=O)NCC(=O)c1ccccn1	TargetDiff	5AD1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67082	CC(C)NCC(=O)NC[C@@H]1CC[C@H](C(=O)O)N1.COC(=CO)C1=C(O)C2=C(CC=C1)COO2	TargetDiff	5AD1	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67083	NC(=O)c1ccccc1F.O=C(O)CCC(=O)O	TargetDiff	5AD1	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67084	O=C(NC(=O)C1OC(=O)c2cccc(O)c21)c1ccccc1	TargetDiff	5AD1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67085	O=C1c2ccccc2C(CC2CCC3=C2Cc2ccccc2O3)C1O	TargetDiff	5AD1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67086	COC1=CC=C(C(O)c2cccc(O)c2)C(OC2=CC(O)(O)CC2)C=C1	TargetDiff	5VKC	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67087	Cc1ccc(OC2CCOC3OC(O2)C2C=CC=CC(C)C2NC/C(O)=C\CC3C)cc1	TargetDiff	5VKC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67088	C=CCN=NC1C=CC=CC([C@H]2[C@H](CO)C[C@@H]3CO[C@H]2[C@@H]3Oc2ccc(C)cc2[C@H]2OCCC(C)(C)O2)=C1.CCC	TargetDiff	5VKC	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67089	CC(C)C1=CCC(c2ccccn2)=NC1C1(O)CCC2C3=C(CC=CC=C3)NC2=C1O.CCO	TargetDiff	5VKC	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67090	CCCCF.COC1=C(C2=CC=CNCC2)C(OC2CN(C3=CC(C(=O)NC(C)CO)C=CC=N3)Cc3ccccc32)CC1	TargetDiff	5VKC	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67091	CCC(C(=O)OC)C1CC2C=CCC=C2OC(=O)C1C1=C2C=CCCC2N(C)C1.CCCl	TargetDiff	5VKC	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67092	CC1=C2C=CCC3=C2C(CC1(C)C(C)C1CC(O)(O)CC1CCCOC1CCCC(O)C1)OC3.OCCCl	TargetDiff	5VKC	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67093	COCCOC1CC2(CCC3C=CCC=C3)CC(C)C(O)(NO)C3=C4C(O)=CC(N)C=C4CC3CC2N1	TargetDiff	5VKC	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67094	CCl.COC1/C=C\CCC2C=CCC=C2CNCC(O)C(NC(c2ccccc2)C2NN(O)C3=C2CC=CC3)C(=O)C1	TargetDiff	5VKC	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67095	O=C(OC(F)(F)F)C1C=CCC(c2ccccc2)C1CNc1ccccc1.ONO	TargetDiff	5VKC	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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