Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
67021	CC1=CC(CC(O)C(O)C2CC(C(C)(O)O)NC2O)C=CC1	TargetDiff	4U73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67022	CC(=N)NC(O)(C1C(=O)N=C2C=CC=CC=C2C1O)N(O)CC(=N)NC1=CCC(F)=CC1	TargetDiff	4U73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67023	O=C(O)C(O)(O)C(O)C1C(O)C(O)C2CCCCCC21	TargetDiff	4U73	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67024	OC1C(O)C2NC3C(CCCCCC13)C1CC3CCC(=C31)C(O)C2(O)O	TargetDiff	4U73	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67025	CC1NCC/C=C(\O)C2(O)C(O)CC3C2OC2=C(CCC(C)C3(C)C)CC3=C2NC1C3	TargetDiff	4U73	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67026	CCCOP([O])[O].CNC1(O)CC(O)C(CO)c2cc(F)ccc2OC1O	TargetDiff	4U73	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67027	CP(=O)(O)C(O)CC(O)C(O)(O)C(O)C1OC(=O)C2=CC=CC(CC3=CCCC=N3)C2C1O	TargetDiff	4U73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67028	CC1(O)CCC12CC(O)(C(O)C(O)CC1CCC(=O)C1)C(=O)O2	TargetDiff	4U73	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67029	O=C1CC2CC(O)(O)CC(CCC3CCC4CCC3=C=C(C(O)C(=O)N1)C(O)C(O)C4)N2	TargetDiff	4U73	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67030	CCCC1C=C2C[C](N(C)CCC)N=C2N([C@@H]2CNOC2)[C@@H]1C[C@H]1CCCCNC1.O=CNC=C1CCNC1	TargetDiff	5JSG	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
67031	CCCCCCC(C)CC(C/C(O)=[C]\C(=O)O)C(C1CCCN1)C(O)C(=O)OC.FC1CCCC1	TargetDiff	5JSG	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
67032	CC=C1CCC(C[C@H](C=CCC(=O)OCC=NC)N[P@@](C)(=O)O)N1	TargetDiff	5JSG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67033	C1CCCCC1.CCCCCCC[C@@H]1OC(=O)[C@H](NC(=O)NCCOC)C1NC(=O)CC=CCOC	TargetDiff	5JSG	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
67034	CC=C[C@@H]1CCC2=C(C3NN=C(OCOC)c4cncnc4C3O)C=C3C=C(O)C=CC3C21	TargetDiff	5JSG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67035	CC(C(=O)NC1C2N(C3=CNNC(=O)N3C2(C)O)C2=NCN(C)C(O)(CC3=CC=CC(CCOF)C=C3)C21)C1=CCC(Cl)S1	TargetDiff	5JSG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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