DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67051 O=C(O)CC1CCNC2OC3CCC(O)(c4cnccn4)N/C=C\C(O)C3C(O)C12 TargetDiff 5LTN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67052 CC1CCCC(CC(O)C(O)C(O)C2OCC(=O)O2)C1 TargetDiff 5LTN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67053 CC1C(O)C(O)C(O)(C2OC(C(=O)O)CC2O)C2CCCNC12 TargetDiff 5LTN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67054 COC(C)C(O)C(O)C1=C(O)C2C3=C(C1)C(C)CC(CC(C(=O)O)CC2O)O3 TargetDiff 5LTN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67055 CC(O)C(O)C(C)C(O)CC(N)CC1CCNCC1O TargetDiff 5LTN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67056 O=P(O)(O)CC(C1C=CCC=C1)C1COCC(O)C1O TargetDiff 5LTN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67057 CC1OC(=O)C(O)C(O)C(O)CCCC(O)C(=O)OCC1CO TargetDiff 5LTN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67058 O=C1NCCC2CC(=O)N(C3C(O)CNC3(O)CO)C12 TargetDiff 5LTN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67059 O=C(O)CC12OCC(O)(C(O)C(O)C1O)C2O TargetDiff 5OHY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67060 OCC1CNC(O)C(C(O)O)C1O TargetDiff 5OHY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67061 CC1C(O)C(O)C(O)C(O)C(CCO)(C(=O)O)C1O TargetDiff 5OHY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67062 NC1C2OCC(O)C3C(O)C(O)OC(C23)C2C(O)C(O)C2C1(O)O TargetDiff 5OHY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67063 O=C(O)C1CC(O)CC2C(O)C(O)C(O)C(O)C(O)C2C1 TargetDiff 5OHY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67064 OC1OC2C1CC1OC2C(O)C(O)C(O)C(O)C(O)C1O TargetDiff 5OHY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67065 CCCCC1(O)C(C)C(O)C1O TargetDiff 5OHY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

67051 to 67065 of 73725 items. Total 4915 pages.