Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
67111	N=C1NNC(=Cc2cccc3c2ONCC[C@@H]([C@@H]2CCCC[C@H]2O)OC(=O)C(O)CC(O)(O)O[C@H](CO)OCO3)C1=N	TargetDiff	5ZC5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67112	CCOC1=CC(C2C/N=C(/C)NC(=O)C(C3=CCN=C4C(NCN)=NCN34)C2)C(N)C(F)=C1	TargetDiff	5ZC5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67113	NC(N)=N[C@H]1CNC2/C=C\C/C=C/C(NC3=CCC=CC3=CO)=C=C21	TargetDiff	5ZC5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67114	CCC1(O)CC(F)C(C(C(=O)O)C(O)C2CC(S(N)([O])[O])=CC=C2F)C1O	TargetDiff	5VGY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67115	OC1(O)CC=C2Cc3cccc4c3OC3c5c(ccnc5COC3(O)C1C2)O4	TargetDiff	5VGY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67116	Cc1cccc(OC2OC(=O)C(C(O)CO)C3OC4(O)OC(C)CCC(=O)C(C)C4C23)c1	TargetDiff	5VGY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67117	CC(O)CCN.CC1CC=CC(C(=O)C(OCCC2CCOC2)C(C)c2cc(C(C)C(O)(F)NC(=O)O)ccc2F)C1	TargetDiff	5VGY	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
67118	CC(O)C(O)C(O)c1ccccc1C(O)P(=O)(O)O	TargetDiff	5VGY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67119	O=C1CC2COC(C(=O)NCC(O)C(Cc3ccccc3)(C(=O)O)/C(O)=C/NC3=C2CC(F)C3)C(O)COS(O)(O)N1	TargetDiff	5VGY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67120	CC1(C)CCCC(=O)C2OC3CC(CC(O)(CC(N)=O)C3)C(C3CCC4CCC3C4)C21	TargetDiff	5VGY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67121	O=P1(O)/N=C/C(O)(O)CC2OC(O)(NC2C2COCCC2O)C2=[C]C(=C=CC=C2)/C=C\1O	TargetDiff	5VGY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67122	CC1C2CCC(O2)C(O)CC(CO)C(CO)C/C(C(=O)O)=C\C(O)C1O	TargetDiff	5VGY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67123	C/C1=C\C2CCON2C(C(O)CC(=O)O)N(O)c2ccccc21	TargetDiff	5VGY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67124	CC[C@H](C[C@@H]1O[C@@H]([C@H](CC=C(C)C(=N)N)OC)N2[C@H](C)OS(O)(O)[C@@H]12)C1CCCC1	TargetDiff	5O9Y	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67125	Nc1cnc2c(c1)CC(C(O)P(=O)(O)O)N2c1ccccc1	TargetDiff	5O9Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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