Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
67141	CC1=CC2=C3C(O1)c1cccc4c1N(CN4)C3C=CC(C(=O)O)=C2	TargetDiff	5CSP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67142	CCCC(O)C1=Cc2c(C(=O)NC(=O)O)ccc3c2=C(C=C1)OCC=3N	TargetDiff	5CSP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67143	CC(=O)[C@@H]1CC(=CO)c2cc(O)ccc2C(NO)=N1	TargetDiff	4UJB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67144	O=C1NC=NC2=NN(C(O)C3COC(C(=O)NC(C(=O)O)P(=O)(O)O)C3(O)NO)C=CC12	TargetDiff	4UJB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67145	Cc1ccc(C(=O)CC(C)N2C[C@H](O)[C@H](C)[C@H]2Cc2ncncc2N=CC(=O)NO)cc1	TargetDiff	4UJB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67146	O=C1C=C=C(C2CCOC2)CC/N=C2/NCCCC2C(C2CCC3=C2CNC3)NN1	TargetDiff	4UJB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67147	O=C1NNc2cc(O)ccc2CC2C=NCC(C2)N2C=C1C=C(Cl)C2	TargetDiff	4UJB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67148	Cc1cccc(CC2=CC(O)=C3CCC[C@H]([C@@H]4C=CCOC[C@@H]4C=NC(N)=O)C3C=C2)c1	TargetDiff	4UJB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67149	N=C1NN(OC(O)C(N)CCO)CC1O.O=C(NO)NC1=NCNC=C1	TargetDiff	4UJB	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67150	CC(CP(=O)(O)O)C(CO)C(O)C1OC2=NC=NC(=N)C2=CN1C(=O)OCC(=O)O	TargetDiff	4UJB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67151	CN1CC(CO)CC2C(=O)C3=CC=C4C=CC(N)C=CC4C3=C21	TargetDiff	5ZAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67152	CC1C(O)=CCCC1(C)CCCC(CNC(=O)CC(CCO)CC(=O)O)C1=C2CNC(C(=N)C(=N)N)=C2CC=C1F	TargetDiff	5ZAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67153	CNC(=N)c1ccc(C(=N)c2ccc(O)c3c2=C2CC(C)N=CC=32)cc1O	TargetDiff	5ZAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67154	CC[C@@H]([C@@H](O)Cc1c2c(nc3cc(OC)ccc13)CC=C(N=C(N)N)C2=N)S([O])([O])C(C)=O	TargetDiff	5ZAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67155	CCN(C1=C2C=C(N=C(N)N)CC=C2NC(O)(O)[C@H](C2CCC2)C1)C1C=CCC=C1	TargetDiff	5ZAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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