DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67201 O=C1CC(O)C2CC=C(Cl)NC2(O)N1 TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67202 Cc1ccc(O)cc1NC1C(O)=CC=CC1CCCCC(=O)O TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67203 CC(=O)N1N2C3=C(C=NC=CN3N(c3ccccc3)CCC2(C)C)C12C(O)=CC(C)C1CCCNC12 TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67204 CC1C2C(=CC=CC2C2C=CC(O)C=C2)C(=O)C2NC(=O)c3ccccc3C21 TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67205 CCN1C(=O)C=C(N(C)c2ccccc2)C(Cl)C1=O TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67206 CCC1=CC(C2C=CC(C)C(C3C=CC=C(F)N=C3)C=C2)=CC=CC1 TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67207 CCC(C)C1N=C(C)C=C(O)C1CC12CCC(CC1)CC2C TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67208 CC(=O)OC1N=C2C=C(F)CC=C2C(OC2c3ccccc3C3OCCC(C4C=CCC=C4)C(C)CC32)C1C TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67209 O=c1ccc2c(O)ccc(OC(C3CCC3)C3C=CCC=C3F)c2cc1 TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67210 CCCC1CCCC2C3=CC(=CC=C12)OC1=CC(O)=C(C)C2C1C(O)CN(CO3)C2OC TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67211 CC(=O)C12CCN3C(OCC31)C1=CC(C=CC1C)CCC1NCC3=C1CC(C2)C(O)C=C3 TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67212 CC1C=C2C(=O)N=C3C=CC=CC3C2=C2OCCC21 TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67213 COC1CC(CO)=C=CC23CCCCC2CC(C)C3C1C TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67214 CC(=O)OCCC(C)(C)C1CC(C2C(O)CC3CCCC3(C)C2(O)CO)CCC1O TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67215 N[SH]1CC(O)P(SP(F)F)PP(=O)(POF)ON1 TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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