DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67231 CC12CCC3C4(C)CCCC4C4CCCC4CC3(C)C1CC1CCCCC1C2 TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67232 CC1CC2(CCOc3ccccc3C2)CC2C(=O)N3CCCCC3=CNC12 TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67233 CC1C2=C(C=C3NC4CCC5=C(CCC5)C(CO)CC4C31)CC(C)(C(C)(O)O)CC2 TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67234 CC1CC(C)(C)C1(C)c1ccccc1N1C(=O)CC=C2C=CCC=C21 TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67235 CC(C)C(C)(C=O)C1CC2CCCC3OCCC4CC1C2C43 TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67236 CC1C=C2C3=CC=C(O)C(=O)C3N(c3ccccc3)CC(C3=CC=NCC=C3)C2C=N1 TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67237 Cc1cccc2c1C1Cc3cncc4c3OC(CCC1C2)OC(=O)c1ccc(F)cc1CC(C(=O)O)NCNC4 TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67238 CC1C2CC(C(O)C3CCCC4C=CCC=CC4=C=C3O)CCC2CC(=O)N1O TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67239 CC1CC2=CC=CC3C(C4=CCCCC4)=NN4C=NC(C)C1C4=C23 TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67240 OOCC[PH]12NCP3(O)([PH]#P)ON4PS1(CS2)S43O TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67241 CC1CC2CCC1CC1(CCCC3CCCCCC(C)C3C1=O)C2 TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67242 CCC1OC2=C(C(O)=CC(C(C)C)C=C2)C(C)=C(C)C1C(C)C(C)O TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67243 CC(=O)NC1C=C2CC(=O)OC2C(C(=O)O)=C1 TargetDiff 4OVH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67244 COC1C=C(Cl)C(O)C=CC1C(O)C(F)(F)F TargetDiff 4OVH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67245 COC1CCC(C(C)(CC2C=CCC=C2)C(C)N)C(C2C=CC(F)C(O)=C2O)C1 TargetDiff 4OVH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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