DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67261 CC(=CC(O)=C(C)O)N(C)C(=O)N=C(CO)CN1C[C@@H](O)C[C@@H]1N(C(=O)O)C1=NC(=O)CC=N1 TargetDiff 6G2C ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67262 CC1=CC(C2C=C(C(F)F)CC3CN(O)NC(=O)CCC32)=CC(O)=CC1 TargetDiff 6G2C ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67263 O=C1OC(F)(c2ccccc2)C/C=C2/C=CC(C3C4=CC=CC=CC4=C4N=CN(O)N=C43)=CC2N1O TargetDiff 5FSO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67264 CN(C)C1CC2=C3C=CCN=CC3C(CC(N)=O)=C2C1 TargetDiff 5FSO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67265 CNCC1(O)CCC(=C=C2C=C(C(C)F)C(C)C3=C2NC(=O)C3=N)C(=N)N1C TargetDiff 5FSO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67266 N=C1CC2C3=NCCCC4=C3C(C(O)C4)C2N1 TargetDiff 5FSO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67267 COCOC(=O)/[C]=C(\NNCc1ccccc1CC(O)C(O)CCN)C(C)C TargetDiff 5FSO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67268 CC(C)C(C)C1(O)c2cccnc2C(C(=N)NCN)C1O TargetDiff 5FSO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67269 CC1NC2=CC3CCCCCC3N(C3CC(C)(O)C(C)C(C)O3)C2O1 TargetDiff 5FSO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67270 N=C1NC2=C3CCCNC=C3C(CC3CCCOC3)C2N1 TargetDiff 5FSO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67271 NC(=O)C1CN(C(O)(O)CO)C2=C1C=CC=CC2 TargetDiff 5FSO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67272 CC1(O)CCC(O)(CCC2NC3C(=N)N=C3n3c2nc2c3CCC2)N1C(C=O)CO TargetDiff 5FSO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67273 COC1C=CCC(NC2=NC3=CC=CC4=NC5C=C(F)C(O)=CCN5N2C34)=C1 TargetDiff 4XT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67274 CCC1CCC(O)C2OC3(CC(F)(F)C(C(CF)c4ccc(O)c(C)c4)O3)C(=O)C12 TargetDiff 4XT2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67275 CC1=CC(O)=CC([C@H](NC=C2C=CCC=C2F)C2CCCN2)C=C1 TargetDiff 4XT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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