DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67306 CC1C(O)CCCC1O.COC1(O)CC2CC(C(=O)O)C(O)C(=O)N2C1 TargetDiff 5T9U ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67307 N=C1CCC(N(CC(O)C2C=CC=CC2C2=NC=CCC=C2)C(=O)O)=N1 TargetDiff 5T9U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67308 COC1C=C(OCO)C=c2c(c(=O)n(C(F)(F)F)c3ccnc(=O)cc23)=C1 TargetDiff 5T9U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67309 COC1=CC2CCN(C(=O)CC(O)c3ccccc3)C(=O)C(c3ccccc3)C2C=C1 TargetDiff 5T9U ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67310 CCC(C)N1CCC(C)(C)CCC2C=CC=C3CC(C(F)(F)F)C(C)(C)C(NC1=O)OC32 TargetDiff 5T9U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67311 CC(=O)c1cc(C=C[C@@H]2[C@@H](C(=O)O)C[C@@H](O)[C@H](O)C2(O)O)ccc1C(C)C TargetDiff 5T9U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67312 COc1cccc(S([O])([O])N2CCC(C)C2c2ccccc2S(=O)O)c1 TargetDiff 5T9U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67313 C=C(OC)C1C(C(O)C2CC(C)C(O)(O)COC2=O)=CC=CC1C(=O)NCC TargetDiff 6DD0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67314 CC1CCC2=C3C1=C=CCC(C)(O)C(C)N3C(C(=O)O)N2 TargetDiff 6DD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67315 NC1C(=O)C2C(NCC3CN=C(F)N3)C3C=CC=CC4C=C5CCC(=C5C2C43)C(C(=O)O)N1O TargetDiff 6DD0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67316 C=NCCC#CNC(=O)C1CCC2CCC(O)CC2C(C(C(=O)O)C(O)OCc2cccc(F)c2)N1 TargetDiff 6DD0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67317 O=C(O)C(O)C1(O)CCC(O)C(O)(O)C(O)C1O TargetDiff 6DD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67318 CON1CCC(C(O)(CCN(O)c2ccc(O)cc2)OOCN2CC(=O)C(O)(CC(C)C)C2)N1 TargetDiff 6DD0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67319 O=C(O)C(CC1CCCN1)C(=O)C1COC(CO)c2ccccc21 TargetDiff 6DD0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67320 CC1C(O)CC2CC(NC3C=CC=NC=C3)CN2C(O)(C(O)OO)C1O TargetDiff 6DD0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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