Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
67321	O=C(C(C(O)CO)N1C(=O)C(O)COC(O)C1=O)N1CCNN1	TargetDiff	6DD0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67322	C[C@H](C[C@H](O)C(O)(O)[C@@H]1CNC(=NC(=O)C(=N)N)N1)[C@@H](C)[C@@H]1C[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1F	TargetDiff	6DD0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67323	C[C@]12CC(O)(O)C[C@@H]3C(=O)[C@H](CN)C(=O)[C@@H](C[C@@H](O)[C@H](CO)[C@@H]1O)[C@H]3O2.O=C(O[C@H]([C@@H]1OC2=NC(C[C@@]3(O)CCCN3)C=NC[C@@H]2O1)[C@@H](CO)NO)[C@@H](O)C=C[C@H](F)[C@H](F)C(F)F	TargetDiff	4JE7	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67324	O=C(O)NCC(C(=O)O)C1C(S)CCCN1CCO	TargetDiff	4JE7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67325	CCC(CC(C)C1C2=C(C=CC(C(=O)NO)C2)N(C)C1C)NS(C)=O	TargetDiff	4JE7	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67326	COC12OC3=C(CCN3C(C)C)C(CCNC(=O)O)N1CCc1cc(CC(=O)O)ccc12	TargetDiff	4JE7	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67327	CC.O=C1CC(C(O)C(=O)NO)NCCC2(C(=O)O)CC(O)(OC(=O)CC(CO)O1)C(O)CC2O	TargetDiff	4JE7	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67328	C1CCNCC1.CCCCN1C2CC(CO)(CCOS2(O)C(C)CCCC(C)O)CCC1(O)CC(=O)NO	TargetDiff	4JE7	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67329	NC1=C=C2c3ccccc3CN2P(=O)(O)OCC(O)C(O)C(CO)C(=O)NC(=O)C(C(=O)O)N1	TargetDiff	4JE7	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67330	CC(C)(C)OC1CC(N)C2OC3CC(OCC(O)=C=CCC(=N)N12)C(=O)C3C(=O)O	TargetDiff	4JE7	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67331	CC[C@H]1C=C(C(=O)O)C(NC=CCC(O)(O)CC[C@@H]2CCc3ncccc32)=CN1	TargetDiff	4JE7	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67332	NC(CC(=O)Oc1cccc2c1C1=CCC=C(O)C1O2)C(=O)O	TargetDiff	4JE7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67333	COC1C(C2(C)CC(O)CC(C(C(=O)O)C(C)(O)O)C(C)CCc3cccc2c3)CC(O)(O)CN1O	TargetDiff	6EX1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67334	CC1(O)C(=O)N(S([O])([O])c2ccccc2C(=O)O)CC1P(=O)(O)O.NC(=O)O	TargetDiff	6EX1	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67335	CO[C@H]1CCC2=C1C=CCC2=C1CC(=O)C(O)=C1[C@H](F)C=O	TargetDiff	6EX1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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