DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67381 C1CC(NN=C2CCNCC2)=N1 TargetDiff 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67382 Cc1ncc(N2CCC(C3=C(F)NN4C5=C(N(C)O)CNC5SC34)C2)nn1 TargetDiff 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67383 CN1CCC(c2ccc(OC(=O)C(O)CC(O)C(O)C#CC3CCOC3)cn2)CC1 TargetDiff 4RN0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67384 O=C(O)CCCCCC(O)C(=O)O TargetDiff 4RN0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67385 C=C1C(=O)N2CC(C)(O)C(F)(F)C2CC1CCC(=O)OC(=O)C(O)CO TargetDiff 4RN0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67386 CCC(CO)OC(=O)NC(=O)CC(O)C(C)C(C)C(CC)(C(C)=O)N(C)S(C)=O TargetDiff 4RN0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67387 CC(=O)C1=C(OCC(CO)CN(O)O)CC(SCCNC2C=NC(=N)NC2=N)O1 TargetDiff 4RN0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67388 N=C1N=CC(CCC2C=CC3=C4NOCC4C(C(=O)O)C3C=C2)N=N1 TargetDiff 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67389 NC(=O)CC=C=C1CC(=O)N(CCc2nn(-c3ccc(C(=O)O)cc3)n2C2CCCC2)N1 TargetDiff 4RN0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67390 CC(C)C(O)Cc1cc2ccc(OC3CCCN3)cc2s1 TargetDiff 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67391 NC(=O)N(O)OCc1cc2c3c(c1)CC(O)CN3CC2 TargetDiff 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67392 NC(=O)N(N)C=CC=C1CC2=CC=CC=CC2O1 TargetDiff 4RN0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67393 O=C1Oc2ccc(CCCC3N=CCC=N3)cc2CC1CO TargetDiff 4RN0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67394 O=C(O)NCc1ccccc1 TargetDiff 4RN0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67395 N=C1NCCC1NCNCC1=NC(C2C=NCCN2)CN1 TargetDiff 4RN0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

67381 to 67395 of 73725 items. Total 4915 pages.