DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67426 CC(O)CCP(=O)(O)C(O)C(O)C(O)C1C=C(O)CC2N=CC(F)C(=C=CC(=O)O)C21 TargetDiff 4U6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67427 CCOCC1OCCC1N(C1CC=CC(F)=CC1)C(C(=O)O)C(O)C(O)CC(N)C(=O)O TargetDiff 4U6W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67428 O=C1/[C]=C/N2CCC3OC(O)(P(=O)(O)C(O)(O)OP(=O)(O)O)C(CN1)C32 TargetDiff 4U6W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67429 CC(O)C1(C)CCC2C(=CC(O)(C(O)C(=S)CO)C(O)C2O)C2CC=C(F)C=C21 TargetDiff 4U6W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67430 CCC(O)(COC1=CC=C(F)CC1Cl)C(O)(O)C(O)CCCC(=O)O TargetDiff 4U6W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67431 OCC(NCC(O)C(O)C(O)CO)c1cccc2ccccc12 TargetDiff 4U6W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67432 N=C1NCC(C2C=CC(O)C=CC2O)C(C2CCC3C(F)=CCC=C32)O1 TargetDiff 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67433 NC1C=CN(C2=NC3=CCC=C(O)C3N2C(=O)C2CCCN2)CC1 TargetDiff 6FCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67434 CCCN1CCC(C(=O)NO)C2=C(C3=CCC=CC3=C2O)C1C(=O)O TargetDiff 6FCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67435 CC1CCCC2C(C(c3ccccc3)C(C=N)C(=O)O)CNC12 TargetDiff 6FCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67436 N=C(N)C1CCCC(S(=O)O)C(O)C(O)COC(=O)CC2=CC(=CC(Cl)C=C2)NCC1 TargetDiff 6FCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67437 O=C1CC2=C(C=CC1C1C(O)=CCC(F)(F)CC1Oc1ccccc1)N=CCC=C2 TargetDiff 6FCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67438 C[C@H](CCC(=O)O)CC(=C1NC(=N)NC1=O)[C@@H]1CNCN1 TargetDiff 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67439 CN1C=NC2C(CCOC(O)C(O)OC2C(O)CO)C1=O TargetDiff 6FCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67440 N=C1NC(C(=O)O)CC(OCCCC2(O)CCCCC2N)C1C(=O)O TargetDiff 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

67426 to 67440 of 73725 items. Total 4915 pages.