Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
67411	NC(C(=O)O)C1CNC(c2ccc(C(=O)O)cc2)=N1	TargetDiff	4RN0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67412	O=C(O)NC(=O)CNc1cccc(C2(NC3CCNC=NC3)C=CNN=C2)c1	TargetDiff	4RN0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67413	O=C(O)OCC1CCO1	TargetDiff	4RN0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67414	O=C(O)CC(C(=O)O)C(O)C(c1cc(O)cc(F)c1)C1COC(=O)C2=C(O)CC=NC2CO1	TargetDiff	4QPL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67415	CC(=O)OCc1cccc(CC2C(=O)NN(C(O)(F)c3ccccc3)C3C2=CC=CC3C(C)CC2CC(C(=O)O)CO2)c1	TargetDiff	4QPL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67416	CC(C)CC(=O)CNC(=C=CCC=C=C1CCC=C(O)C1O)c1ccccc1	TargetDiff	4QPL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67417	C=C1NC=NCN=C1N[C@@H]1COC[C@H]1OCO.CC(=O)CCCC1CCC1.CC[C@@H](O)C(=O)O.O=C(O)[C@H](O)C=C[C@@H](O)C(=O)O	TargetDiff	4QPL	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67418	COC(=O)N(CC1C(C)=CCOC1S(O)(O)O)C1CCC(C(C)CC(C)=O)C1C1=CC=CCC=C1	TargetDiff	4QPL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67419	CC(=O)C1=C=C2C(CC(=O)C2F)OCC(c2cccc(C(=O)O)c2)C(C(=O)O)CC1C	TargetDiff	4QPL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67420	COC(=O)C1CCCCC1C(=O)CO	TargetDiff	4QPL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67421	O=C(O)C=CC(=O)NC[C@H]1CC[C@H](O)CN1C(=O)N=C1C=CC=NC1=O	TargetDiff	4QPL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67422	CCCN(COP(=O)(O)O)Nc1ccccn1.FC1C=CCC=C1	TargetDiff	4QPL	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67423	O=C1OC(CCCCC2C=CC=C(O)C2)C(O)C(O)C1C(O)(O)NO	TargetDiff	4U6W	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67424	CC1C=C(C(F)(F)F)N(C(O)C(O)COC(O)C(O)C(O)C(O)O)CC1O	TargetDiff	4U6W	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67425	NCC(O)(C(O)C(=O)C(=O)OO)C(F)C(F)(F)F	TargetDiff	4U6W	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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