DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67456 Cc1c(O)cccc1C1NC2=CCC=CC2CC1=O TargetDiff 5N17 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67457 COc1ccc2c3c1OCOC(=O)C(O)C3N1CCCC21 TargetDiff 5N17 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67458 OCC1=CC=C2C=CC=C3Nc4ccccc4CC1C23 TargetDiff 5N17 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67459 CN1CC(=O)N2CNc3cccc1c32 TargetDiff 5N17 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67460 O=C(O)c1ccncc1Cl TargetDiff 5N17 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67461 N=C1NC(CC(O)C(O)C2Cc3cnc4c(n3)N(NN4)NC(O)CO2)CC1O TargetDiff 6PIA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67462 N=C1CC=C2C(=N1)OC1N=C3CC(NC(N)=O)=CCC3NN21 TargetDiff 6PIA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67463 C1CCCC1.NCNC(=NC(=O)C(N)=O)[C@@H]1CC=NC(c2cccc(CN=CO)c2)=N1 TargetDiff 6PIA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
67464 C[C@H]1CC[C@@H](O)[C@H](O)C[C@@H]1NC(=O)[C@@H]1CN[C@@](O)(N=CC(=O)O)C1 TargetDiff 6PIA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67465 CN1CC(C)(C2C=C(OC3C=CC(=O)N4C(=O)C=CCC4=N3)NCC2)CN1O TargetDiff 6PIA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67466 O=C1C=CC(C(COC(=O)C(C(=O)O)C(F)F)C(O)C(O)CF)C(=O)N1 TargetDiff 6PIA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67467 CC1C2C=C(CN)C=C(F)C2CNC1C1C(=O)Nc2cc(C(O)(O)O)ccc21 TargetDiff 6PIA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67468 N=C1CNN(C(=O)C2=CC3CCOC3N=C2)CC2C=CCC(CNO)N12 TargetDiff 6PIA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67469 COc1cccc2c1OC(=O)C(O)C(C(O)OC(O)C(=O)OC(C)=O)CCC2 TargetDiff 6PIA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67470 CP(=O)(O)N(CO)C1=C2C=CC(CO)C=C2C(O)CC(C(=O)NCC2=CCN=C(C(=O)O)C2)O1 TargetDiff 6PIA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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