DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67471 CC1CC(C2C(O)C(O)CC3(O)OCCC3C2O)CC(CO)C1C(=O)O TargetDiff 6BDY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67472 O=CN(CO)c1cccc(C2CCCC3(O)CC(O)C(=O)N23)c1O TargetDiff 6BDY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67473 CCOC(=O)C(CC(C)=O)C1(C)CC2CC(C)CCC(NC(=O)CN)C2C(O)CC1O TargetDiff 6BDY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67474 COC1=NC(C2OC(=O)CCCC2c2cc(F)cc(CCC(C)CO)c2)C(=O)C2=C1C(=O)CC2 TargetDiff 6BDY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67475 CCC1=NC(C)C2=C(O)C3(C=CC2=N1)Cc1cccc(O)c1COC(O)CN(C)C3CO TargetDiff 6BDY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67476 CCN(C(=O)C(O)C=CCC[C@@H]1c2cccnc2[C@@H]1C(C)(O)O)[C@H](C)C(=O)O TargetDiff 6BDY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67477 CC(CC=C1CCN(O)C1=O)[C@@H](C(=O)O)[C@H](C)O[C@@H]1C[C@H](C)C(O)=C[C@H]1C TargetDiff 6BDY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67478 O=C(O)C1CC(OC2C=CCCN(C3CCO3)C2)C1O TargetDiff 6BDY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67479 CCC1CC2CC3(C)C(C)C(O)C(O)C(O)C3C(CO)NC2/C=C2/C=CNN=C2N1 TargetDiff 6BDY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67480 CCC1OC2C(N)CC3SCC(CO)CCCCOCC3CCNCC2C2=CNC=NC21 TargetDiff 6BDY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67481 N=C1NCCC1C(O)C(CC1C=CCC=C1)C1COC1=O TargetDiff 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67482 COCC1COC2C(C1)CC1C=C3C(=O)OC4C5CCC5C(OC)C4C3(O)OC12O TargetDiff 5TJN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67483 COCCCO TargetDiff 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67484 CNc1c(O)c(CO)nc2c1CCC2 TargetDiff 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67485 CC1C(C2CCCO2)CC2(O)CC(NC=O)SCC(O)C12 TargetDiff 5TJN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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