Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
67246	CC(CO)ONC(=O)CNCO	TargetDiff	4OVH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67247	O=C(O)c1ccc(C(=O)N2C(=O)C3CC=CCC32)c(O)c1	TargetDiff	4OVH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67248	CC1CC(C(Cl)C(c2ccccc2)N(C)c2ccccc2)CN1	TargetDiff	4OVH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67249	COC1=CC(C(O)C(C)C(=O)O)N=CC1Cl	TargetDiff	4OVH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67250	O=C(O)c1cc2c3c(c1)C(=O)CC1=C3C(CCOC2)C1	TargetDiff	4OVH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67251	CCC(=N)C=C1CN(C)C(=O)N1.C[C@@H]([C@@H](S)C1C=C(F)CC=N1)N1Cc2ccccc2NC1=O	TargetDiff	4OVH	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
67252	C=CCC1CCC(C(C(=O)O)C(Cl)c2ccccc2)C1	TargetDiff	4OVH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67253	C[C@@H]1CCCN1N=CC1C[C@H](CC(=O)O)[C@@]2(O)OCCCC2C1=C1C=CC(=N)N=CC1	TargetDiff	6G2C	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67254	CC(CO)OC1CC(CO)CCC23CCC(C(O)CC2C1)C(C)(C)C3	TargetDiff	6G2C	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67255	CC(O)CCN/C1=C(\O)C(CF)C2CC(CC3COC(=O)CC3O)CC(O)(CO)C(CCCCO1)C2.CN	TargetDiff	6G2C	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
67256	C=C(C)O.C=C(CCC)NC1CCC(C2C=CC(CCCF)=C(NC(=O)OC)C=C2)C1.CC(CCO)NCC1CC(C2=CC=NNC2)NN1.CC1CNC(CO)C1	TargetDiff	6G2C	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
67257	C[C@@H]1CN(C(=NC2C=CCC=C2)C2=CCC(F)=CC2)C[C@H]([C@H]2CCOCO2)C=C1O	TargetDiff	6G2C	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67258	CC1=NC2=CC(=N)NCN2C(C2c3ccc(NO)cc3CN2c2ccncc2Cl)=N1	TargetDiff	6G2C	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67259	CCNC1=CC(OC)CC2C3C=C(C(F)(F)F)C=CC3N(COC3CCCC3C)C12	TargetDiff	6G2C	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67260	CC[C@H](CO)c1cc(=C(NC(=O)C(=O)NC)OC(C)=O)c2c(n1)N(CC=N)N=CC=2	TargetDiff	6G2C	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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