DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67216 CCC12CCC(C(C)=O)OC1C(O)C1C3C(=CC(C)C12)CCCC3C TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67217 CCC1(CC2C=CCCC2)CC(O)C2(C)CC3(O)CCC(C3)C2C1 TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67218 CC(C)(O)C1CC(=O)NC1C1CC(F)CC1OC1CN(C2C(=O)OCC3OCCC32)CN1 TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67219 CC1CC(OC2C=CC(N)=CC2CC(=O)O)C(C(C)O)C1 TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67220 CCCC1CC2(C=CC=CC=C2)C(C)C(CCC2CCCCC(=O)O2)C1=O TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67221 N=S1NP(F)P(O)[SH]([SH](N)SP)PP1 TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67222 O=C1NCC2C1Oc1ccccc1C1(O)NC2(O)c2ccccc2C1CO TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67223 CS(O)(O)N1C2CCCCC=C2OC12Cc1ccccc1C1CCCc3cccc2c31 TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67224 C=NN(c1ccccc1C)C(C)C(CC(=O)O)C(C)NC(C)(C)O TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67225 CCC1CCCCC2CC13OC(C)C1C(CC(C)O)CCC4(CCC24)C13 TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67226 CCC(C(=C=CC(=O)O)CCC1CCCC1)C(O)C(O)(Cl)CC TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67227 CC1=CC=CC2=CN=C(Nc3ccc(F)cc3N)C(Oc3ccccc3)C12 TargetDiff 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67228 CC(C)C(C(C)COCCO)C1CC(C)C(C)CCC(C)(C)C1C TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67229 CCCCC(C1=CCN=CN1CC)C(C)c1ccncc1 TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67230 CC1C2SC3(CCCC4C(Cl)=CCC=C4OCC(=O)N2OC(CO)S1(O)O)CC(=O)C(O)C3 TargetDiff 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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