DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67156 CS([O])([O])N1CC(=CC2CCCC2)C2CC3=CCC=C(N=C(N)N)CC3=C2C1 TargetDiff 5ZAF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67157 C[C@@H](O)CN1Cc2nc3c(n2[C@H]1[C@@]1(C)CNc2ccccc21)CC(=CC(=N)C(N)N)C=C3 TargetDiff 5ZAF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67158 CC1=C2C(=O)N(C)C[C@H]2C=c2ccc(N=C(N)N)cc2=C1 TargetDiff 5ZAF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67159 COC1=CC2CC(O)(C(O)c3ccc4c(c3C=O)=NC(=N)N=4)OC2=C(Cl)C=C1 TargetDiff 5ZAF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67160 OC1CCC1CC1CC2CCCCC(C2)C1 TargetDiff 5YUM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67161 O=C(O)NCCS TargetDiff 5YUM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67162 C=C1C(C)=CCNC1CCC(=O)NC TargetDiff 5YUM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67163 NC1C(=O)OC2CCC3CC(c4ccccc4)C(O)C1C32 TargetDiff 5YUM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
67164 CC1N=CNC(C)C1C(O)C(C)C(O)CCN1NCCC1=O TargetDiff 5YUM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67165 CN1CC2CCC3=NC(=N)NCC3C21O TargetDiff 5YUM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67166 NC(=O)C1CNC2C3C=CC(=O)C=NC3=CC3=CCC=C1C32 TargetDiff 5YUM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67167 O=C(CF)OC1C=C2CC3CCCCNC3=C3N=NC(=O)C(O1)C23 TargetDiff 5YUM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67168 O=C(O)N=C1CCC(=O)N=N1 TargetDiff 5YUM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67169 CC1C(=O)C(C(N)CF)COCC2NC(CN)C(=O)C21 TargetDiff 5YUM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67170 CC(CC(C)C1CCC2C(C)CC(O)CC2(C)C1)c1cc(O)c(Cl)cc1Cc1ccccc1 TargetDiff 5X74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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