Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
67126	OCCCCN1CCOC(C(O)C2CC(O)CCC3=C2C2=C(/C=C\C=C/3)CO2)C1	TargetDiff	5O9Y	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67127	CC(=O)C(OCC(C)Nc1cc(C)nc(C(CO)NCCO)n1)OP([O])[O]	TargetDiff	5O9Y	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67128	CCCCOC1=CC(OC)C=CC1N(C)CCC(O)C1COC(CO)OC2CC(C)C(C(C)CO)=C2C1O	TargetDiff	5O9Y	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67129	CCCC1OC2CC(CO)OC23CN2C(CC4COC5C=CC=CC=C45)C(O)C(O)C2C(O3)S1	TargetDiff	5O9Y	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67130	CCCCC[C@@H](COc1ccccc1OCCOC)CC(C)=CN	TargetDiff	5O9Y	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67131	CCc1sc2cc(C(C)C)cc3c2c1C(O)(O)CO3.OCCOO	TargetDiff	5O9Y	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67132	CCCC(CCOC(CC1CCCC(C(=O)O)C1)OCC(N)=O)CC1=CCCC2C(C)CC(C)C2C1	TargetDiff	5O9Y	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67133	CCNCCC1CC(C(=O)O)C2OCC(CC(C(=O)O)CC(=O)N1)O2	TargetDiff	5O9Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67134	O=C(O)CC1OC2=NC(CCCOc3ccc(cc3)C3=C=C4C(=CC(C(=O)O)=[C]3)C3=CCNC5=C3C4=CC(C2)C5=O)O1	TargetDiff	5CSP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67135	O=C1C(O)C2(O)C3C=CC=C/C3=C(\C3=C=CN=CC=C3)NN3C=CCC=C3N12	TargetDiff	5CSP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67136	O=C1N=C2C3=CNC=NC3C(OC(=O)C3CCC(CO)C(=O)N3)=C2N(C2C=CCC=C2)N1	TargetDiff	5CSP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67137	C=C1C=C(F)C(F)(F)C2CC1CCC(=N)C(C(=O)S)C2O	TargetDiff	5CSP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67138	NC1=C2COC(=O)C=C3C=NNC(=C32)C1	TargetDiff	5CSP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67139	Cc1cc2c(cn1)C=CC=CC2C(=O)O	TargetDiff	5CSP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67140	NC(C(=O)O)=C1CCC=CCC1	TargetDiff	5CSP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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