DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67066 OCC12CC3(COC4CCC(O)C(CC1O)C43)C2O TargetDiff 5OHY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67067 N=C1NNC(=O)C1CC1OC(O)C2(O)C(CC(=O)O)OC12 TargetDiff 5OHY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67068 O=C(O)C1C(O)C2(COC(=O)C2O)OC1(O)C(=O)O TargetDiff 5OHY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67069 CCc1ncnc(Oc2ncc3c(n2)CC(CC2C=CCC=N2)C3)n1 TargetDiff 6MD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67070 CC1=CC=C2C3=C(N=C(C)NC(=O)NC(F)=C(F)C(=N)N)C(=O)C(=O)N3NC2[C@H]1N[C@@H]1Cc2ccccc2C1=O TargetDiff 6MD0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67071 OCCCNCCCCCc1ccc(Cl)cc1F TargetDiff 6MD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67072 CCCc1ccc(C(C)NC(=O)C2C=CCC=C2O)cc1 TargetDiff 6MD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67073 O=C1C=CC=CC2C=C(OCCC3=C(O)CC(F)C3)C=CC12 TargetDiff 6MD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67074 CC1=NC(CCC2CCC(CC3=C4CCC(C)=C4SC3)c3ccccc32)CC=C1 TargetDiff 6MD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67075 O=CN(c1ccccc1)C1C=C(O)C(Cl)C(C2CCC(CC(=O)O)C2)=C1 TargetDiff 6MD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67076 CC(C)C[C@@H](O)[C@@H](C=C1Nc2cccc(F)c2O1)NC(=O)NC1=CCC=CC1=N TargetDiff 6MD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67077 CC1=CCC(=O)C2CC(O)(CC(O)CCN3CN(C(C)C(=O)O)CC3=O)CCC12C TargetDiff 6MD0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67078 O=C(CO)CCOC1CC(Cl)CO1 TargetDiff 5AD1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67079 CN1CCC2C=C(C3=C4C(=O)C(c5ccnc6ccccc56)C(=O)N=C4CC3)NC(=O)CC2C(O)C1=O TargetDiff 5AD1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67080 CC(C)O.C[C@H]1NC(=NOC(=O)Cc2ccc(C3C=CC=CC=C3)nn2)c2ccccc21 TargetDiff 5AD1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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