DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67006 N=C1NNC2=C(N3COC(OCOP(=O)(O)OP(=O)(O)O)C3=O)NCC12 TargetDiff 6CZC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67007 O=P(O)(O)OP(=O)(O)OCOC(CO)C(O)C1=NCCC=N1 TargetDiff 6CZC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67008 CC1C(CCN(CCOP(=O)(O)O)C2CCCN2)CCCN1C(=O)c1cccc(O)c1.O=P(O)(O)O TargetDiff 6CZC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67009 CC1=NC(=N)N=C(C(CC(O)CCO)OC(COP(=O)(O)O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)O)C1.NNC(F)F TargetDiff 6CZC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
67010 C1=CC=C2N=CC=CC2N=C1.N=C1CCN(C2OC3COCCC(C(=O)O)C3O2)C1=O.O=C(O)C(C(O)CC(O)CO)P(=O)(O)O TargetDiff 6CZC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
67011 NCC(OC(CC(=O)O)Oc1ccc(O)c(F)c1)C(=O)O TargetDiff 5DEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67012 CC(=O)OCC(N)CCC(=O)O.N=C1N=CN=CC(C=O)C1N TargetDiff 5DEX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67013 CC1C(C(=O)O)C(C2CCCC2)C(O)(O)C1O TargetDiff 5DEX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67014 CC(=O)N(CC(C)OC(=O)C1CC2CC(c3ccccc3)CC21)C(=O)O TargetDiff 5DEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67015 CC(C)C1C=CC(OC2C(C[P](=O)O)CNCC2C(=O)O)C=C1 TargetDiff 5DEX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67016 CCC(=O)OC1=CC(C=N)C(C(=O)O)NC=C1 TargetDiff 5DEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67017 CC(=O)C(N)CN1CCOC1C(O)C(=O)O TargetDiff 5DEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67018 O=C1CC(O)(COP(=O)(O)O)OC(NCNc2ccncn2)O1 TargetDiff 5DEX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67019 O=C=Nc1ncnc2c1NC(C(O)C(O)(O)C(CO)C(CO)CO)C2 TargetDiff 5DEX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67020 OC1COC2OCC2CCOCCC2CCCC3C2OC(O)(C1O)C3O TargetDiff 4U73 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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