DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68176 CC(=O)C1C(C)C2CCCC2C2CCCC(C)CC(C)C21 TargetDiff 5ER4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68177 C1=CC2C=C(N3CCCC3)CC=C2N=C1 TargetDiff 5ER4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68178 CC(CC1CCCC(C(O)(O)C(C)O)NC1=O)c1ccccc1.CC1=CCC=C(O)C1 TargetDiff 6PVW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68179 Cc1ccc2c(n1)CC(=O)N2C1OC2C(N)C(=O)CC2C(CO[P](C)=O)C1C TargetDiff 6PVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68180 COC(CC(CO)C(O)CO)C1(O)CCC(O)(OC(S)C(C)C(O)C(=O)O)O1 TargetDiff 6PVW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68181 CCCC(=O)OCCC(O)CCC.CNC(=O)C(O)C(=O)NCC(=O)O TargetDiff 6PVW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68182 CC(CS([O])([O])CCCC(=O)O)C1=NC(c2cccnc2)N=C2CC=CC=C21 TargetDiff 6PVW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68183 CC=CCC(=O)[C@H]1C[C@H]2CC[C@H](C)C(C2)[C@H](COC[C@@H](C)[C@H](C)N(O)C(=O)CC2=CC=CC(O)C(O)=C2)C1 TargetDiff 6PVW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68184 CC(C)OP([O])[O].Cc1c(O)cccc1OC(=O)CCCC(=O)O TargetDiff 6PVW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68185 COS(O)(OCC1OC(C)CC(CO)O1)C1OC(=O)C2OC(O)COC21 TargetDiff 6PVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68186 CC1C(O)CC1COC1CCS(O)(C(CO)C2CC(CC(=O)O)CO2)N1 TargetDiff 6PVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68187 CC(N)=O.O=C(O)C(=O)O.OC1COC(O)C(O)C1O TargetDiff 5T7S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
68188 O=C1C=C(O)C(O)CCC1O TargetDiff 5T7S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68189 Cc1ccc(C2CC(C(=O)O)C(C(=O)O)CO2)cc1.O=C(O)C(O)CCO TargetDiff 5T7S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
68190 CC(=O)C(O)CC(=O)C1OCC(O)C(O)C1O TargetDiff 5T7S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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