DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68191 NCC1OC(O)(CO)CC1O TargetDiff 5T7S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68192 CC(=O)NC(=O)C1OC(=O)CC(CO)O1 TargetDiff 5T7S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68193 OCC(O)C(O)CO TargetDiff 5T7S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68194 CC1OC(O)C(C2=C(O)C=NC(=O)C2O)OC1=O TargetDiff 5T7S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68195 O=C(O)C(O)C(C(=O)O)C(O)O TargetDiff 5T7S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68196 N=C1CCC(O)OC1.O=C(O)C1CC(O)C(O)COC1=O TargetDiff 5T7S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
68197 O=C1NC2(COC1C(O)C1=Nc3ccncc3N=C(Cl)N1)N=CCC(F)=C2F TargetDiff 5T9Z ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68198 O=C(O)C(=O)NC1C(O)C(C2C=CCC=C2COP(=O)(O)O)C#CCCCCC/C=C\C=C\C2CNC1C2O TargetDiff 5T9Z ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68199 CC1CNC2CCC(NCC(O)C(CO)C3=CCCCCC3)C2C1 TargetDiff 5T9Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68200 CCC(OCC1CC(NC)C2C(O)=CC=CC2=N1)c1ccccc1 TargetDiff 5T9Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68201 CC1CC=CC(CCN)CC1O.O=C(O)NC(CO)CC1=CCC=CC1 TargetDiff 5T9Z ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68202 CNCC1COC1C1C(=O)OC2=C1C=CC1=CCC(Cl)C(C)C(=O)C12 TargetDiff 5T9Z ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68203 CCC(=O)CC[C@@H](CC(=O)[C@H]1CCCCCO1)CN(C[C@H](C)F)C(=O)N=C1C=CC=C[C@H]1[C@@H](Cc1ccc(F)nc1)OO TargetDiff 5T9Z ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68204 CCCC(CC(=O)OC(O)(OC(=O)O)C(O)CNC(=O)C1CCCC(C)C1CCO)C(=O)O TargetDiff 5T9Z ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68205 COC1CCC(CCC(NC(=O)CC2C=NC(C)=CN2OC)C(O)(O)C(O)C(O)OP([O])[O])C1 TargetDiff 5T9Z ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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