DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68206 COC1=CC=C2C(=O)N(Cc3cccc4c3NC(C)(O)CO4)CC3=CC=CC(Cl)=C1C32 TargetDiff 5T9Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68207 CC(=N)NCC(CNO)OCC(OC1=CC=CNC=N1)C(=O)O TargetDiff 4Z84 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68208 CC1=CC(C2OCCC(C(C)N)C2C2C=CC=CC2CO)C(C(N)=O)=CC=C1F TargetDiff 4Z84 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68209 CC(=O)NC1=NC2(CO)OCCC2O1.OC1=C(F)C2CNCN=CC2=CC1 TargetDiff 4Z84 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68210 NC1CC(Oc2ccc(O)cc2)C2C(O)C(c3cc(C4C=CC(O)C(O)=C4)cc4c3=NC(F)=NCN=4)C(O)(O)C12 TargetDiff 4Z84 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68211 CC(=O)OC1=C(C2C=C(OC(C)CC3CCCC3)C=CC3C=CCC=C32)NCN1 TargetDiff 4Z84 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68212 CCON=C([C@H](O)COC)N1CC2=C(C=CC=C(O)C2O)C1=NC(=O)CO TargetDiff 4Z84 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68213 C1CN=C2NCCC2=N1 TargetDiff 1K9T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68214 O=C1CC(CCOC2(O)C(O)C(=O)N3CCC(O)CC(C(=O)O)C3C2O)C1O TargetDiff 1K9T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68215 O=C1CCCO1 TargetDiff 1K9T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68216 CC1(O)C(O)C(O)CC2C(O)C(O)CCC(C(O)O)CC21O TargetDiff 1K9T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68217 NC1CSC2C3CC12CCO3 TargetDiff 1K9T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68218 OC1=CC=CC=CC1 TargetDiff 1K9T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68219 OCC(O)CC1CCCCO1 TargetDiff 1K9T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68220 CC(N)(O)C1Cc2ccccc2N1 TargetDiff 1K9T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

68206 to 68220 of 73725 items. Total 4915 pages.