Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68146	CC(Oc1ccccc1)C1NCCC(C)(O)CC1C(=O)OC1(O)OC2(c3cccc(O)c3)CC3Cc4ccccc4C3CC12	TargetDiff	6KJD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68147	CC1CCCC2C1C(C)C(O)C2C1C2=CC=CC3C2=C(OCN3C(C)C(C)(N)O)N1C(CCC1CCCC1)C(=O)O.CC=O	TargetDiff	6KJD	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68148	CCCC[C@H](CN=NN)[C@@H](C)C1=N[C@H](OC2CCCC2)CN1CCC	TargetDiff	6BBX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68149	O=C(O)c1cc(F)c(F)cc1C1CCOCC1CC(O)C1=CCC=CC=C1	TargetDiff	6BBX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68150	CCCC1CC(CCOC)C2C1C(O)C(C(=O)O)CCC2(C)C	TargetDiff	6BBX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68151	CN(C)C(Cl)CC(C(=O)O)c1ccccc1C(=O)O	TargetDiff	6BBX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68152	CC1=NC(=C(O)[C@H](C)N)CN1.COC(=O)c1cc(F)ccc1C1C=CCC=C1	TargetDiff	6BBX	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68153	CC(c1ccc(F)cc1N/[C]=[S]\OC1=CC=CCC=C1)C(CO)N1CCCN1	TargetDiff	6BBX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68154	C1=CC2=CCC3CCC=CC3C2=CC1.CN(C)c1ccc2c(c1)C(O)OC2=N	TargetDiff	6BBX	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68155	CC1C(CO)COC1C(CC(N)=O)c1ccccc1	TargetDiff	6BBX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68156	C=C1CCC2C3C(NC(C)C)C(C(=O)O)c4ccccc4C3C(c3ccccc3)CN12	TargetDiff	6BBX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68157	CC1C=CC(CCC(CC(C)C(=O)O)C2C=CCC=C2C(=O)C2CCCCCO2)C=C1	TargetDiff	6BBX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68158	CC(=O)NCC(=O)NCOC1CC(CC2CCC2)CC(NC(C)c2ccc3c(c2)CCCC3)C1	TargetDiff	5O9Q	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68159	CC(OCOC(COC(=O)NCC(N)=O)NC1=C(O)C(O)=CCC=C1)[P](=O)O	TargetDiff	5O9Q	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68160	CCCC(O)COC1CC2CC(COC3(O)CC(O)C(C)C(O)CO3)CC3CC(CO)C1C32	TargetDiff	5O9Q	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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