Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68101	C=CC(C)C1(C2CCC3=C2C(C)C=CC3)C(C)CCC2(O)C(O)CCC21	TargetDiff	4ZOW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68102	CCC(O)=C(O)[C@H]1C2C[C@@H](C[C@@H](O)C2)C[C@H]2CC[C@@H]3CC[C@H]4[C@@H]3[C@]3(O)C[C@@H](C[C@H]3C[C@@H]12)C4(O)O	TargetDiff	4ZOW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68103	CC1C(O)C2(O)CC13CCC(C(C)(C)CCO)C1C4CCC5CCC4C13C5C2CO	TargetDiff	4ZOW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68104	CCNC(C1=C(OC)CC=CC1)C1SCC2Cc3ccccc3C21CCO	TargetDiff	4ZOW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68105	CC[C@H]1C[C@H](C)C(O)(O)[C@H](C)C[C@H]1C(O)=C[C@H]1[C@H]2C[C@H]3CC[C@]1(C)C[C@H]3C2	TargetDiff	4ZOW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68106	CC1CC2(O)C(C)CC3C(CC4C/C=C\C(C(O)CC4)C2C)C2C=CCC(C13)C2(O)F	TargetDiff	4ZOW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68107	C/C1=C\C2CCC(O)C2(C)C2CCCCC(C2)C(C)(C2CCCCC2)CCC2(C)CCC1CC2	TargetDiff	4ZOW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68108	CCC1(C)C(O)CC2CCC3C(OCC(C)C4C=CCC=C4)C(C(N)=O)CCC(O)C3C1C2(C)O	TargetDiff	4ZOW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68109	N=C1N=NC(N2CC=C(CC3C=CC(O)C=C3)CC2)=N1	TargetDiff	6T1J	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68110	CC(N)OCCCC(=O)O	TargetDiff	6T1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68111	CC1N=C2C(C=C1C(C)c1cccc(F)c1)CC(=O)N2c1cc(F)ccn1	TargetDiff	6T1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68112	C[C@@H](CCCC[C@H](O)CN)NC(=O)N=C1C=CC=CC1	TargetDiff	6T1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68113	CCCNCC1=NNN(C)N1	TargetDiff	6T1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68114	CC1=NCC(C2CCC(C3=NC4C(=O)N(C)CN4C(=O)C3)CCN2)N1	TargetDiff	6T1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68115	N=C1C(N=C2C=CC(NC[C@H](O)C(=O)O)=C(O)C2)=CCC=C1[C@@H]1NCCO1	TargetDiff	6T1J	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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