DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68041 COC1NCc2c1nc(C1C=CNN=C1)nc2C(O)C(=O)c1ccc2c(O)cccc2c1 TargetDiff 4O0X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68042 CC1=NC(=N)C2CC3=CC=CC=CC3N12 TargetDiff 6G38 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68043 O=C1Nc2ccccc2OCC/N=C2/OC=C3C4=C2C=CC(=C2C(=NCO)CC(=C24)N2C=CC=CC32)C(=O)[C@@H]1O[C@H](C=CN1CCCCC1)COP(=O)(O)O TargetDiff 6G38 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68044 CCCNC1=CNC=C=C2c3c(O)cccc3C=NC21 TargetDiff 6G38 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68045 CCC1C2CC3OC(C)C(O)CC3CCC1(O)C1CCC3=C(CC21)C1C(=CCCC1O)N3 TargetDiff 6G38 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68046 CC1NCCCC1CC1=C2CCCC=C2CN1 TargetDiff 6G38 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68047 OC1=C/C2=C3/C4=C(NCC3O)C3=C(C4)N(CC3)CNC3=NCNCC(=C3)NC2C=C1 TargetDiff 6G38 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68048 COC1C=CC(N2CCCC3=C2C(C)NC3)C=C2CCNC21 TargetDiff 6G38 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68049 Cc1cccc2c1C1=C3C(=C(O)C1)CCS(N)(O)OC32 TargetDiff 6G38 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68050 COC1=CC=C(O)C2=Nc3ccnc4c3C(C(=O)OCC4)C12 TargetDiff 6G38 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68051 CCC1Cc2c(ncc3cccc(N4CCCO4)c23)N1 TargetDiff 5ZA9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68052 N=C(NN)NC1=C=C2C(=NC(=O)C2Nc2ccccn2)/N=C\C=C/1 TargetDiff 5ZA9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68053 COC1=CC2C=CC=CC2=NC1C1=NC2=CC(C(=N)N)=CCC2=CC=C1 TargetDiff 5ZA9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68054 CC(C)CC(C)C1Cc2c(cccc2C2=NC(=N)N2)CC1CO TargetDiff 5ZA9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68055 CCOC(=O)OC[C@H]1[C@@H]2CC3=C(C2=C[C@H](C(=O)O)[C@H]1OC)[C@@H](O)C[C@@H]3C(=N)N=CN TargetDiff 5ZA9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

68041 to 68055 of 73725 items. Total 4915 pages.