Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68071	[O]N([O])[C@@H](C[C@@H](CC=CCC=CCl)S(O)(O)O)[C@@H]1C[C@@H](c2ccc(O)cc2)O[C@@H]1CNC1=CCC=CC1	TargetDiff	6E7R	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68072	CCCNC(OC1OC(C(=O)O)C1O)C1C(C)C(c2ccc(O)cc2)NN(COCCCO)C1C1C=CCC=C1	TargetDiff	6E7R	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68073	CCCCC[C@@H](CC[C@@H](CCN)OC)COC(=O)C(CNC(C)=O)=C(O)[C@@H](C)O	TargetDiff	6E7R	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68074	CC[C@H]1O[C@@H]2[C@@H](N[C@@H]3CC[C@H](NCCC[C@H](C)O)C[C@@H](O)CCC[C@H]3CCC=C(C)C)N[C@@H]3[C@H](c4ccc(C)cc4O)N[C@H]1[C@@H]32	TargetDiff	6E7R	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68075	C=C1CC(C2CC3CN(N4CNC(C)C4)CC4OC5CCN(CNCN)CC(OC2(O)C34)C(C2C=CNC=C2)CCC(C2C=CCC=C2)C5)=CC=C1F	TargetDiff	6E7R	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68076	CCNC(=O)C1=CC(=C=C(O)Cc2ccc(Cl)cc2)C2C(F)=C3SC(OO)CC3=C2C1	TargetDiff	6E7R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68077	CC1=C(CN2[C@@H](C=CCC(=O)O)C3=C([C@@H]2CC[C@H]2CC[C@H]2[C@@H](C)O)[C@H](C(=O)Nc2ccccc2)O3)C=C[C@H](C)C1	TargetDiff	6E7R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68078	CC(c1ccc(O)cc1)C1C2=C(CCN2)NC2=CC(C3=CCC(O)=CC3)CCC2C1CC(=O)O	TargetDiff	6E7R	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68079	NC(=O)C[C@@H](C=CCCO)[C@H](CC1CCCCC1)C(=O)[C@H](Cc1ccc(O)c(OO)c1)C(N)=O	TargetDiff	6E7R	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68080	CCC1CC(CCO)C(C)C2CC(O)C3CCCCC3CC12	TargetDiff	5UFS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68081	CC1CC2CC3(C)CC4CC5C4CC4C(N)(C(=O)O)CC(CC2CCC1C(C)(C)O)C543	TargetDiff	5UFS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68082	CC[C@@]1(O)OCO[C@@H]([C@@H](O)C(O)=CO)[C@@H](F)[C@@H]2CC[C@H]3CCCC4=C3C(=C=C3CCCN32)[C@H]1C1=C4NC(=O)CCO1	TargetDiff	5UFS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68083	CC(C)O.CC(O)(O)CNCCc1cc(Cl)c(O)cc1CO	TargetDiff	5UFS	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68084	CCCCC1C(CC2C=CCC(OC)=C2)CCC(OC)C1C	TargetDiff	5UFS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68085	CC1CCC(CCO)C(C)C1CC1CCC2(CO)CCC1(C)C2C	TargetDiff	5UFS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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