Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68026	COC(=CC=C=C1C(OC)N(C)CN(C2=CCN=CC2)C1F)[C@H]1c2cccc(F)c2[C@@H]1C(F)(F)F	TargetDiff	5K0M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68027	CC(=N)C1CCCC2CC1C(C)(O)CCC1C(C(=O)CC(O)COC(C)=O)OCOC21	TargetDiff	5K0M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68028	CC(C)CN1OC2C(C1C)C1C(O)C3C(O)CC1(O)C2CCCCCCC(O)C3O	TargetDiff	5K0M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68029	CCCN(C)CC1CCC(NCO)C2COC/C=C(/F)C=C=C(F)CN(CNCC)CC(O)CN2C1	TargetDiff	5K0M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68030	CC(=O)CCNCN1CC2=C(C1=O)c1c3c(cc(=O)n1C)CC=CC23	TargetDiff	5K0M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68031	CCCNC1=N[C@@H]2/C=C/Oc3cccc4c3O[C@H](CCOC(=N[C@@H]3NC(=O)C5=CC(CN)OC=C53)[C@H]2N1)CC4(F)F	TargetDiff	5K0M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68032	CC1C=CC2(CC1)CCC1C(O2)C(O)CC(CO)C1C1OC(O)C(C)C(O)C1O.OCCO	TargetDiff	5K0M	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68033	COC1=C2C3=C(CCC(OC4=CCC(C(F)C(F)F)=C(O)C4O)C3NC2CCO)C1	TargetDiff	4O0X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68034	CC(O)CCCNC(=O)C1Nc2cnccc2S1	TargetDiff	4O0X	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68035	C[C@@]1(F)C=CN2C=C3N=C4C(=N[C@H]3c3ccc(F)c1c32)CC=CC4=C1C=CC(F)C=C1	TargetDiff	4O0X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68036	CC1=CCN(O)C(N[C]2CNC(CC(N)=O)=N2)=C1	TargetDiff	4O0X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68037	C=CCC=C(C(=O)N[C@@]1(O)N[C@H](C=C2C=CN=CC2)c2ccccc21)N(O)O	TargetDiff	4O0X	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68038	OCC(OC1CC2CCCC1C2)c1ccc2c(c1)C=CNC2	TargetDiff	4O0X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68039	C[C@@H]1OC2=C(CCc3ncccc32)C2=C(N=NC(=O)NN(C)c3ccc4ccc(O)cc4c3)CCC21	TargetDiff	4O0X	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68040	CC1C(=O)N=C(c2ccc3c(n2)C(=O)/C=C\C/C=C\3)CC1=C1CNC(C(=O)O)C1	TargetDiff	4O0X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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