Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68086	CC(=N)C(C)C1CCCC2C3CC(CO)C4C(CCO)CCCC4CC3CC12C	TargetDiff	5UFS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68087	CC1OC(C(O)C(O)O)c2ccccc2C2CN(c3ccc(O)cc3F)CCC12	TargetDiff	5UFS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68088	CC(C)CC1CCOC(C(C)(O)C(C)O)C2(C)CCC3OC(CCC(CCO)CC(=O)O)(C(=O)O)CC3(O)C1C2O	TargetDiff	5UFS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68089	CCC12C(O)CC(O)C13C1CC4C(C)C(O)(F)C(O)CC4(F)CCC1CC(C)(O)C3CC2O	TargetDiff	5UFS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68090	CCCC1C2=C3C(C(CC)C1(C)N)N1C(=CC=Cc4ccccc41)N3C(CCN(C)CC)C2	TargetDiff	5NKG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68091	CC1CC2CC(O)(C(C)C)c3ccc(/[S]=C4\CCC(Cl)C4)c(c32)O1	TargetDiff	5NKG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68092	CC1CCC(C(=O)C(C2=C=CC(C3C=CC=Cc4ncncc43)C=CN2)c2cccnc2)C1C	TargetDiff	5NKG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68093	O=C(O)C1C/C=C\C2=NCC(OC3CC/C4=C/C/N=C(\C=C=C43)NCCC1)C(O)CN2	TargetDiff	5NKG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68094	OC1=C(O)C2=C(CCC2)C2=C=CCNNC3=CC(C=CC3)C3=CC(C=C=C1C2)NCCC3	TargetDiff	5NKG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68095	CC1=NC=CC2=NC3N=CNN=C3C(C3=CC=C(O)C=CC3)C2=C1.CCCCC	TargetDiff	5NKG	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68096	CC(O)=C1[C@H]2C=C=C3C[C@H]4[C@H](CC[C@H](O)[C@@H]5[C@@H](C)[C@H](C)CC[C@@H]5[C@@H](C)[C@@H]5CC[C@@H](C[C@H](O)[C@H]5CO)[C@@H](O)[C@@H](C)CO2)C[C@@]2(O)CO[C@@H]5C[C@@H]([C@H](O)CC(N)=O)[C@H](C)O[C@H]5[C@H]([C@H]3[C@@H](O)[C@@H]1O)[C@@]42C	TargetDiff	5NKG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68097	CC1=C(C)C2OCc3cc4c(nn3)C3=NC=NC(C(=O)O)C3C=C4CC3=NC2N(C1)CC3(C)C	TargetDiff	5NKG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68098	N=C1C2=C(SC1Nc1cncnc1)C1OCCC3C1C1C(=C2O)CC2CC4=C(CCO4)N3C21	TargetDiff	5NKG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68099	CCC1CC2CCC3C(OC(O)(c4ccccc4)C3O)C(C1)C2C(C)=O	TargetDiff	4ZOW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68100	CC1=CC=C[C@@H](NC(=O)C(O)(O)C[C@@H](O)C=C[C@H]2CCC(C(C)C)C2)C(CO)[C@]1(C)C(=O)S	TargetDiff	4ZOW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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