Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68716	NC1C=C=C2C(S([O])([O])NC3(CC4C=CCC=C4)CCCC3)=CCC3=C2C(=C1)N3	TargetDiff	5NK3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68717	CC1=CC=C[C@@H]([C@@H](C(N)=O)C2=N[C](N=C3CNNN3)N2)[C@@H]1C[C@H]1CCc2ccccc21	TargetDiff	5NK3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68718	CCCCOC(N=C[C@H]([C@@H]1NCNN[C@H]1CCC[C@H](C)O)[C@@H]1C=C(O)CC(O)=C1O)=NC([O])=C=C(C)[C@H]1CCO1	TargetDiff	5NK3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68719	CC1=CC(CC(C)C(C)C(C)(O)C2(C)CC3CC(C)CCC3OC2=O)C2=C(C1)NCN2	TargetDiff	5NK3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68720	CC(C)Nc1cc(F)ccc1C(C)C(=O)C(CC(O)C1=CC=CC=CC1)C(=O)O	TargetDiff	3NFB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68721	O=C1c2cc(F)ccc2N2C3C=CC=CC3C(O)C12	TargetDiff	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68722	CC(C(=O)O)C(O)CCCC1C=C(C(=O)N2CCCC(OC(=N)NO)OC3C=CC=CC32)C=Cc2ccccc21	TargetDiff	3NFB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68723	CC(O)C1=Cc2nc(C(CC(N)(O)C(=O)O)c3ccccc3Cl)cc3c2=C(C1)C1CCCC1C=3	TargetDiff	3NFB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68724	CC(O)=C=C1CC=NC2=C1C(C(=O)O)CCC1CCN21	TargetDiff	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68725	CC(N)CC(O)C1C=CC(C2C=CCC=C2)C(NO)=C1O	TargetDiff	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68726	O=C(O)C1N=CN=C2CC=C=C3C=CC=C(CO)C3CC21	TargetDiff	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68727	NNC(=O)C(O)c1c(S(O)(O)O)c2ccccc2n1C1=CC=CCC=C1Cl	TargetDiff	3NFB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68728	COc1cc(C2NC(C)C(C)C2C(N)=O)cc2c1CCC2	TargetDiff	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68729	CC1CNCC2NC(=O)C(CC3CCCC(O)C3O)=C2N1	TargetDiff	3NFB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68730	CC1=C2C(C)COCC2NSC2=NC(=O)CCC(CO)N21	TargetDiff	3NFB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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