DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68761 O=C(O)CC(O)c1ccccc1NC1C=C(Cl)C2=C3C(CC2)C(CO)CC(O)(O)NC31 TargetDiff 3NFB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68762 CC1CCCCC1(N)C(O)C(O)C(O)C(O)C1=CC(CO)C(O)CC1 TargetDiff 3NFB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68763 CC(C)C(O)C(C)N1CC(C(=O)NC2CC3COC(C2)C(O)C3)C(N)C1C TargetDiff 3NFB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68764 COC1c2ccccc2N(C(N)=O)CC1C(C)C(=O)O TargetDiff 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68765 CC(C(O)CC(CO)NC(=O)OC(=N)C1CCOCC1)N(C(=O)c1ccccc1)c1ccccc1 TargetDiff 3NFB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68766 Cc1cccc(C2CC(C(NO)c3ccccc3)NNC2=O)c1 TargetDiff 3NFB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68767 CC1CC(O)=C2C1=CN=CC2S(O)(O)O TargetDiff 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68768 O=C(O)C1=C(O)C(O)C(C2CCC2)N1 TargetDiff 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68769 COC1=NC(=O)C(CC(C)C(=O)O)C=C1 TargetDiff 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68770 CCCC1C(=O)OC2C(=O)NC3=CC=CC=CC3CC12 TargetDiff 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68771 OC1COC1C1C2CC34CCC(CC3C(O)(O)CC2C1(O)O)C4 TargetDiff 3NFB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68772 O=C(CCO)OC(CO)C(O)C1CC2CCCC(O)(O2)C1C(=O)O TargetDiff 3NFB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68773 CC1(C)CCC(C)(CC(=O)CNC(=O)C2CCCCC2)C1 TargetDiff 3NFB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68774 N=C(N)C(CCC1C(F)CCC1C(F)(F)F)C(=O)Nc1ccccc1S(O)(O)c1ccccc1 TargetDiff 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68775 CCC1C2C(C)CCC(O)(O)C2C2C(=O)C3C(CC(N)C3O)CC2(O)C1C TargetDiff 3NFB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

68761 to 68775 of 73725 items. Total 4915 pages.