DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68701 CN1CCC(NC2=C(CC3CNCN3)NN3C(=O)C4C(=O)NNC4=C23)=N1 TargetDiff 5CY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68702 CC(C)=C=CCC=C=C1[C@@H](O)CC2=C3C(=O)N=C4CCNC4=C3N=CC(=CO)[C@H]12 TargetDiff 5CY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68703 O=CN1CCc2cc(F)ccc2CCC1=C1C=CC=CC1 TargetDiff 5CY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68704 C1=C2CNNCNC2C=C(N2CCCC2)c2cnncc21 TargetDiff 5CY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68705 Cc1ccccc1CCN(C)c1cccc(N2C=CNC=C2)c1 TargetDiff 5CY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68706 CC1NC2=NC(=N)C3=NCNC1=C23 TargetDiff 5CY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68707 O=C1C2=C(C=C3c4ncccc4CC13)Oc1cc(F)ccc1C2O TargetDiff 5CY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68708 CC1C(=O)C2=C(NCCC2)N1C1=NCC(c2ccccc2)O1 TargetDiff 5CY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68709 CC(O)C1C(=C=O)C2C(=CC=C1O)C(=O)C1=C2C(=O)NC1 TargetDiff 5CY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68710 CCCC1C=C2C=NNc3nc(C)nc(c32)N1 TargetDiff 5CY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68711 CC1CC2C/C3=C\C/C=C\C#C/C=C\CCCCC(O)CC1C=C2CC=C3SCF TargetDiff 5NK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68712 CC1=NCC2=CC1C1C=C(Cl)C=CC1C1=C(CCC1O)NC(=N)CC2 TargetDiff 5NK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68713 CO[C@H](C)C(=CNC(=N)NCC(C)C)C=C1CNC(=C2CCCNC2)N1Cc1ccccc1 TargetDiff 5NK3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68714 CN1CC2=C=c3c(Cl)ccc4c3=C=C3C(=NC4=N)C=CN(C)C3C2=CC1=O TargetDiff 5NK3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68715 CC1C2CCCC(O)(c3ccccc3)C(O)CCNC(=O)C3CCCC4C5C(CC3)CCC5C3(CC5OC(=O)C6=C(CC5C3C)C(CC6)NN1NC2)C4C TargetDiff 5NK3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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