DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68656 CCCCC1CC2CC(C(=O)O)CC2CC(C)C1C1CCC(O)=C1CC TargetDiff 5MWY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68657 CC(O)C(C(O)CCN)C1CCC(c2ccccc2)C(O)C(C)CC(C(=O)O)C(C)C1.OC1C2=C(CCO2)OC(F)(F)CC1F TargetDiff 5MWY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68658 CCC12CC(C)C3(C)C4CCN(CO)CC4CC(CCCO)C3C1CCC(O)(CO)C2 TargetDiff 5MWY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68659 C[C@@]1(O)[C@@H]2NC[C@@H](C=C3CCC(=O)C3=O)CO[C@@]2([C@H]2C=CC(N([O])[O])=CC2)[C@H](O)C[C@H]1O TargetDiff 5MWY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68660 CC1=NCC(O)=C(C)C1COC1C=CC=C(O)C1=C1[C@H](O)[C@H](O)O[C@@H]1C[C@H]1O[C@H]2[C@H](CC[C@@H]3/C(F)=C\CCC(=O)O[C@H](C)[C@H]32)C(=O)C1OO TargetDiff 5MWY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68661 CC1C2C=C(F)C=CC2C(C2CCCC(O)(O)CC2)CC2CCC(=O)C21 TargetDiff 5MWY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68662 CN(C1CC=CC2C3C=CC(O)=CC3NC(=O)NC/C=C\CC=C=C3NCCC(C21)C3(O)O)S(O)(O)O TargetDiff 5MWY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68663 CC(C)CCCC1CC2(C3=CCC=CC3C)CCCCC2(CC2C(O)CCC(O)C2O)CC1C TargetDiff 5MWY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68664 COC(=O)C1(O)CNC(C(CO)CCCN)C1OC1C=CCC=C1 TargetDiff 5MWY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68665 COC1C=C(O)CC=C1OCCCC(C)Oc1ccnc(F)c1 TargetDiff 4Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68666 CC1C=CC2OC3CCC(Oc4cc(O)c(CN)cc4F)CC(F)(F)C3C2C1 TargetDiff 4Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68667 C=C1/C2=C\C(Cl)OC3=C4C5CC6=C(C=CC(C)C6C(C)(CC3)C4C)CC(=O)N(O)CC(CO)C1(CCO2)NCO5 TargetDiff 4Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68668 CC(C)C(C)C(O)C(CCO)CC1=C(F)OC(F)C1 TargetDiff 4Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68669 CC(CC1NCCCS1)C1=CCCC(F)CC1c1ccccc1 TargetDiff 4Q0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68670 CCC1CCC2CC1N1C(=O)CCC13C(CCO2)CCC3c1ccc(C)cc1 TargetDiff 4Q0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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